署長綜理署務，其權責如左：
一、國庫財務調度執行之監督。
二、本署工作計畫與工作報告編擬之指示及決定。
三、本署概算編製與預算分配之指示及決定。
四、本署業務之分配、調整及改進。
五、本署各級人員之任免、遷調、獎懲與考核。
六、本署重要公文、文稿之批閱及核判。
七、本署重要案件變更處理方式之決定。
八、本署重要會議之主持與紀錄之核定。
九、本署職員請假之核准。
十、其他有關重要業務、事務之處理。