本專戶之用途如下：
一、海洋野生動物資源之調查、研究及經營管理。
二、海洋野生動物棲息環境之用地取得、保護及改善。
三、依本法第十二條第四項規定之損失補償。
四、依本法第十四條第一項及第十五條規定所為必要之處置及處理。
五、民間團體及個人參與推動海洋野生動物保育工作之協助或獎勵。
六、依本法第三十一條第四項規定對於海洋野生動物之收購。
七、海洋野生動物保育之教育及宣導。
八、海洋野生動物保育人員之教育及訓練。
九、海洋野生動物保育之國際技術合作。
十、其他有關海洋野生動物保育事項。
十一、本專戶業務所需行政費用。