依第十四條規定取得許可，有下列情形之一者，主管機關得廢止其許可：
一、有第十三條所定情形。
二、未依第十六條或前條第一項規定辦理。
三、未依許可計畫施工或無故停工。
四、搭排者排放超過許可之時間、地點或水量。
五、搭排者違反第十九條第二項規定，規避、妨礙或拒絕稽查，一年內達二次以上。
六、一年內經主管機關二次通知限期改善，屆期排放水質仍不符第二十條第二項至第四項規定。
七、搭排者有第二十一條第一項所定情形，經主管機關通知停止排放而未配合辦理。
八、引取者引取超過許可之時間、地點或水量。
有前項第一款至第五款、第七款或第八款情形且情節輕微者，主管機關得先令申請人限期改善；屆期未改善或未完全改善者，廢止其許可。
依前二項規定廢止許可者，主管機關應併令申請人限期恢復原狀。