為促進離島之觀光，在澎湖、金門、馬祖、綠島、蘭嶼及琉球地區設置離島免稅購物商店者，應經當地縣（市）主管機關之同意後，向海關申請登記，經營銷售貨物予旅客，供攜出離島地區。
離島免稅購物商店進儲供銷售之貨物，應依關稅法規定辦理保稅進儲保稅倉庫。
離島免稅購物商店銷售貨物，營業稅稅率為零。
離島免稅購物商店自國外或保稅區進儲供銷售之貨物，在一定金額或數量範圍內銷售予旅客，並由其隨身攜出離島地區者，免徵關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。
離島免稅購物商店自國外進儲供展示陳列及銷售予旅客之保稅貨物，除藥品及醫療器材外，得免為中文標示。
離島免稅購物商店進儲供銷售國內產製之貨物，在一定金額或數量範圍內銷售予旅客，並由其隨身攜出離島地區者，免徵貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。
離島免稅購物商店設置之資格條件、申請程序、登記與變更、第四項與第六項所定之一定金額或數量、銷售對象、通關程序、提貨管理及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。
離島免稅購物商店違反依前項所定辦法有關登記之申請、變更或換發、銷售金額、數量或對象、通關程序、提貨管理及其他應遵行事項之規定者，海關得予警告，並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得為三個月以上一年以下停業處分。
離島免稅購物商店銷售予旅客之貨物，其數量或金額超過第四項及第六項之限額者，應依關稅法、貨物稅條例、菸酒稅法、加值型及非加值型營業稅法規定計算稅額，由旅客補繳關稅、貨物稅、菸酒稅、菸品健康福利捐及營業稅後，始得攜出離島地區。