本條例所稱動物傳染病，由中央主管機關依傳染病危害之嚴重性，分為甲、乙、丙三類公告之。

直轄市或縣（市）主管機關為防治動物傳染病之發生、傳染及蔓延，得以命令指定前項以外之動物傳染病，並適用本條例之一部或全部。

經中央主管機關指定公告之動物傳染病，中央主管機關對持有、使用相關感染性生物材料者，應建立管理制度。

持有、使用感染性生物材料者，應接受各級主管機關之輔導及查核，不得規避、妨礙或拒絕。

第一項感染性生物材料之範圍、持有與使用者之資格條件、實驗室生物安全管理方式、陳報主管機關事項及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

應施檢疫物之輸入、過境或轉口，應於輸出入動物檢疫機關公告之港、站為之。

前項應施檢疫物及第三十三條第五項所定物品之檢疫，由輸出入動物檢疫機關或其委託之機關（構）或團體辦理，並應在輸出入動物檢疫機關指定之港、站、動物隔離場所或其他指定場所、區域行之。

輸出檢疫物需於輸出前進行產地檢疫者，動物防疫機關、輸出檢疫物之所有人或管理人應配合輸出入動物檢疫機關辦理；其檢疫程序、輸出登記及廢止、衛生管理、抽樣檢驗、疫情通報、查核、健康證明之核發與廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

輸入應施檢疫物於輸入後有必要進行追蹤檢疫者，由輸出入動物檢疫機關通知動物防疫機關辦理；其查核、飼養管理、通知、疫情通報、追蹤檢疫期間及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

輸出入動物檢疫機關對檢疫物執行檢疫時，有部分檢疫物經檢疫不合格者，應評定為整批不合格。但輸出入動物檢疫機關評估該批檢疫物彼此間無傳播動物傳染病及交叉污染之虞者，得個別認定其檢疫結果。

檢疫之結果，由輸出入動物檢疫機關通知輸入人、輸出人或其代理人。

檢疫不合格者，不得申請複檢。

中央主管機關為維護動物及人體健康之需要，應公告外國動物傳染病之疫情狀態，並就應施檢疫物採取下列檢疫措施：

中央主管機關尚未訂定檢疫條件之應施檢疫物，其輸入人應於輸入前，向中央主管機關申請發給個案檢疫條件，並依個案檢疫條件向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。

第一項禁止輸入、過境或轉口、輸入檢疫同意文件之申請、檢疫條件、繳驗動物檢疫證明書或其他文件、隔離檢疫、前項之申請程序及其他應遵行事項之準則，由中央主管機關定之。

中央主管機關得因應國際間緊急疫情，指定公告應施檢疫物之檢疫疾病及檢疫措施。

物品未經中央主管機關依第五條第二項公告為應施檢疫物，而輸出入動物檢疫機關認為有傳播動物傳染病之虞者，得逕予強制執行檢疫，發現有傳播動物傳染病之虞時，得禁止該物品輸入、過境、轉口或為其他必要之處置。

應施檢疫物之輸入人或其代理人，應於應施檢疫物到達依第三十二條第一項規定公告之港、站時，向輸出入動物檢疫機關申請檢疫，並依前條第三項所定準則繳驗輸出國檢疫機關發給之動物檢疫證明書或其他文件。但動物檢疫證明書經我國與輸出國雙方議定者，得以電子方式為之。

旅客或服務於車、船或航空器之人員攜帶應施檢疫物者，應於入境時依前項規定申請檢疫。

應施檢疫物不得以郵遞寄送輸入；其以郵遞寄送輸入者，應予退運、沒入或銷燬。收件人接獲郵遞寄送輸入之應施檢疫物時，應即送交輸出入動物檢疫機關銷燬。

應施檢疫物在未完成檢疫前，應維持原狀；未經輸出入動物檢疫機關核准，不得擅自破壞包裝、移動或為其他可能傳播動物傳染病之行為。

輸出入動物應受隔離檢疫者，動物之輸出入人或其代理人應於輸出入前，先向輸出入動物檢疫機關請准排妥動物隔離場所或其他指定場所後，始得輸出入。

應受隔離檢疫動物之輸入人或其代理人，應依動物檢疫人員指示，於指定期間內將動物送至動物隔離場所或其他指定場所隔離檢疫。

動物隔離期間，非動物檢疫人員未經輸出入動物檢疫機關許可，不得擅自出入動物隔離場所或其他指定場所。在隔離期間，該動物、相關檢疫物及藥品，非經動物檢疫人員檢查許可，不得移出或移入。

動物隔離期間，經診斷為罹患或疑患動物傳染病者，輸出入動物檢疫人員得依實際情況採取必要之處置。有立即處理之必要者，得逕行處理，並發給輸出入人或其代理人處置證明書。

輸入應施檢疫物有下列情形之一者，輸出入動物檢疫機關得按其情節，為必要之處置：

前項必要之處置如下：

應施檢疫物過境或轉口前，應由所有人或其代理人，或管理人先向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。

應施檢疫物非以輸入為目的而進儲自由貿易港區者，其申請檢疫之程序或應檢附之文件，得予簡化；其辦法，由中央主管機關會商自由貿易港區主管機關定之。

輸出檢疫物有下列情形之一者，應由輸出人或其代理人申請檢疫，經輸出入動物檢疫機關檢疫合格並核發輸出動物檢疫證明書後，始得輸出：

無前項各款所定情形而申請輸出檢疫者，輸出入動物檢疫機關不予受理。

第一項證明書經我國與輸入國雙方議定者，得以電子方式為之。