署長綜理署務，其權責如左：
一、國稅稽徵業務之指揮、監督、考核及省 (市) 縣 (市) 稅稽徵業務之
督導、考核。
二、工作計畫與工作報告編擬之指示及決定。
三、概算編製、預算分配及經費動支之決定。
四、業務之分配、調整及改進。
五、重要公文、文稿之批閱及核判。
六、重要案件變更處理方式之決定。
七、重要會議之主持與參加。
八、所屬人員派免、考核、獎懲之核定、核轉。
九、其他重要公務之處理。

副署長襄理署務，其權責如左：
一、重要業務及工作計畫之參與決定。
二、重要文稿、文件之核閱。
三、署長不在署時署務之代理。
四、參加或代表署長出席或主持各種會議。
五、各單位職掌分配調整之建議。
六、署長交辦事項。
七、其他有關業務之襄贊。

主任秘書權責如左：
一、文稿、文件之核閱。
二、重要與機密文件之處理、分配。
三、各單位工作推進之配合、聯繫、協調。
四、工作計畫及工作報告之彙編。
五、重要會議之參加。
六、綜理秘書室業務。
七、署長、副署長交辦事項。

組長 室主任各承署長、副署長之命 (人事主任、會計主任並分別受上級
人事、會計、統計調查機構之監督) 綜理本組、室業務，其職責如左：
一、本組、室主管案件之分配與文稿之審核。
二、本組、室業務、工作計畫之簽擬及工作計畫進度之掌握。
三、依照本署處理公務分層負責之有關規定，本組、室主管決行事項之核
定。
四、本組、室各級職員考核、獎懲之簽擬。
五、本組、室人員工作之調派、指揮、監督及日常事務之處理。
六、其他交辦事項。

副組長協助組長處理公務，其職責如左：
一、本組文稿、文件之核閱。
二、組長不在時，代理組長職務。
三、本組重要業務及工作計畫之參與。
四、其他交辦事項。

科長承各該組長、副組長之命處理公務，其職責如左：
一、本科主管業務之分配、審查、督導。
二、本科職員平時及年終考績之初評。
三、本科職員工作之調派及日常事務之處理。
四、其他交辦事項。

秘書、督導、稽核、專員、科員、辦事員、書記各承長官之命，處理事務
，並各就所承辦事項負其責任。