運輸工具依中華民國之法令應具備證書而未具備者，應通知有關主管機關依法處分。

運輸業違反第二十二條第二項規定者，海關得依關稅法第九十三條第二項規定，停止六個月以下業務之經營或廢止其登記。

運輸業違反第十三條、第十四條、第二十五條或第三十條第一項、第二項及第五項規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。

運輸業違反第十七條、第十九條或第二十一條規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰。

運輸工具負責人違反第十六條或第十八條規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰。

運輸業或運輸工具負責人違反第四十二條之一第一項、第三項及第四項、第四十三條第一項、第五十六條、第五十七條、第六十二條、第六十三條、第七十四條第一項、第三項至第五項或第七十七條規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。

運輸業或運輸工具負責人違反第十五條、第三十九條、第四十五條、第四十七條、第五十條至第五十二條、第五十五條、第六十一條、第六十四條、第六十五條、第六十七條至第六十九條、第七十一條之一或第七十四條之一規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上二萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰。

運輸業或運輸工具負責人違反第二十六條、第三十一條、第四十一條或第四十二條規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上二萬五千元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰。

運輸業或運輸工具負責人違反第三十六條、第三十七條第一項及第二項、第三十七條之一第一項及第三項、第三十七條之二第一項、第三十八條、第四十條、第四十四條、第四十六條、第四十八條第一項、第三項及第四項、第七十一條第一項、第四項至第八項、第七十三條、第七十五條、第七十六條或第七十八條規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。

運輸業或運輸工具負責人違反第二十七條第一項、第二十八條或第四十二條之二第一項規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰。

運輸業或運輸工具負責人違反第二十九條規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。

運輸業或運輸工具負責人違反第十二條第二項或第四十九條第一項規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。