營利事業之存貨依所得稅法第四十四條按成本與淨變現價值孰低估價時，存貨之成本應按個別項目逐項與其淨變現價值比較，同一類別或性質之存貨得按其分類或性質比較；其方法一經選定，各期應一致使用。後續年度重新衡量存貨之淨變現價值，如原導致存貨之淨變現價值低於成本之因素已消失，或有證據顯示經濟情況改變而使淨變現價值增加時，應於原沖減金額之範圍內，迴轉存貨淨變現價值增加數，並認列為當年度銷貨成本之減少。

期末存貨數量，經按進貨、銷貨、原物料耗用、存貨數量核算不符，而有漏報、短報所得額情事者，依所得稅法第一百十條規定辦理。但如係由倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由及證明文件，足資認定其短少數量者應予認定。

期末存貨數量於必要時，經稽徵機關首長核准，得實地盤點，經盤點逆算不符，足以證明在申報年度有漏報、短報所得額者，應依所得稅法第一百十條規定辦理。但如係由於倉儲損耗、氣候影響或其他原因，經提出正當理由或證明文件，並經稽徵機關查核屬實者不在此限。

副產品之估價，有成本可資核計者，應依所得稅法第四十四條之規定辦理，無成本可資核計者，以自其時價中減除銷售費用之價格為準。

成本會計制度不健全，不能提供有關各項成本紀錄，以供計算單位生產成本者，關於在製品及製成品之存貨估價，准按其完工程度核計製造成本，並依成本與淨變現價值孰低原則，計算其存貨價格。

關於估價方法錯誤者，應予糾正調整之。

進貨、銷貨、存貨帳簿及進貨、銷貨憑證，未載明貨物名稱、數量、其能補正並提供進、銷、存明細表，經查核相符後，應予查帳認定。