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船舶駛進中華民國緝私水域內，應在船上備有由船長簽字之下列文件，以備隨時交登船關員查驗：

一、隨船進口及過境貨物艙單：如屬貨櫃船者，過境貨物艙單無法及時提供時得以貨櫃放置艙位配置圖代替。但應於該配置圖加註「代替過境貨物艙單」字樣，並由船長簽字。

二、隨船進口及過境包件清單。

三、貨物放置艙位配置圖：如屬貨櫃船者，得以貨櫃放置艙位配置圖代替。

四、入境及過境旅客名單，並註明全部託運行李件數。

五、輪船應用食物及什物清單，如有麻醉藥品、武器彈藥及外幣者並各附其清單。

六、入境隨船服務人員名單及其自用不起岸物品清單。

七、郵件清單。

一、船舶於臺灣本島港口卸貨者，應於船舶抵達卸貨港口前五小時完成進口貨物艙單及貨櫃艙位配置圖之申報。

二、船舶非於臺灣本島港口卸貨者，應於船舶抵達卸貨港口前完成進口貨物艙單之申報。

一、隨船進口及過境包件清單。

二、貨物艙位配置圖。如屬非於臺灣本島港口卸貨之貨櫃船者，得以貨櫃艙位配置圖替代。

三、入境及過境旅客名單，並註明全部託運行李件數。

四、輪船應用食物及什物清單，如有麻醉藥品、武器彈藥及外幣者並各附其清單。

五、入境隨船服務人員名單及其自用不起岸物品清單。

六、郵件清單。

七、船舶入港報告單。但已向交通部航港局以電腦連線方式傳輸者，得免檢附。

八、國籍證書。船舶自第二次進口之日起，得以經海關核對與正本相符之國籍證書影本替代。但該證書登載事項有變動者，仍應檢附正本。

進口貨物艙單應依海關規定格式載明下列各項，書面艙單資料並應由船長或船舶所屬運輸業者簽章：

一、船名、國籍、船長姓名、船舶代碼、進港日期、航次、到港前一國外港、第一抵達本國港口。

二、船上所載貨物之提單號碼、提單之貨物名稱、標記、箱號，包裝式樣（如桶、盤、箱、袋等）、件數、重量、規格；二包以上貨物合裝成一件且提單亦有註明者，並應詳細註明該件內所裝包數。

三、裝運及到達地點。

四、收貨人名稱及地址。如收貨人為銀行或承攬業者，應於受通知人欄報明真正收貨人名稱及其地址。但進口貨物報運進儲保稅倉庫或轉口貨物者，得僅列載承攬業者。

五、貨櫃裝運者應將各貨櫃標誌、號碼、種類及裝運方式加註於艙單內。同一收貨人之整裝貨櫃所載貨物如有二批以上者，應於進口艙單上載明有關貨物之貨櫃號碼後加註「部分」字樣；未簽發提單之空貨櫃應將其號碼、數量列報於艙單最後一頁並免加列艙單號碼。

六、其他經財政部公告應行載明之事項。

一、姓名。

二、性別。

三、國籍。

四、出生日期。

五、入境證、身分證統一編號、外僑居留證統一證號或護照號碼。

一、姓名。

二、性別。

三、國籍。

四、出生日期。

五、身分證統一編號、外僑居留證統一證號或護照號碼。

六、職位。

進口船舶非經海關核發卸貨准單或特別准單者，不得下卸貨物。

船長或船舶所屬運輸業者申請將貨物進入倉庫，應由海關派員押運者，應先申領特別准單，並繳納押運費。

船舶所載運之貨物於船邊辦理交付或轉運、轉口時，船長或船舶所屬運輸業者應驗憑提貨文件及海關核發之卸貨准單、特別准單、海關放行通知或轉運准單，核對船名、航次、收貨人，如為整裝貨櫃並應核對貨櫃標誌及貨櫃號碼；如非櫃裝貨物並應核對貨物標記、箱號、件數；如為散裝貨物並應核對毛重無訛後方准為之。但在未實施通關自動化之關區，船長或由船舶所屬運輸業者應驗憑海關核發之卸貨准單、特別准單及海關蓋印放行之提貨單或轉運准單辦理。

一、船舶代碼、船舶航次、停泊港口、船舶呼號。

二、貨物之提單號碼、託運單號碼、總件數、件數單位、起運地點、裝貨碼頭。

三、如屬貨櫃船者，其貨櫃之號碼、種類及裝運方式。

四、其他經財政部公告應行填報之事項。

一、結關申請書。

二、出口裝船清表。但無出口貨物者，免送。

三、出境及過境旅客名單。但與船舶進口時所送過境旅客名單相同者，免送。

四、出境隨船服務人員名單。但與船舶進口時所送名單相同者，免送。

五、檢疫准單。

出口貨物艙單應依海關規定格式載明下列各項，書面艙單資料並應由船長或船舶所屬運輸業者簽章：

一、船名、國籍、噸位、船長姓名、結關日期、開往次一停靠口岸。

二、託運單之貨物名稱、標記、箱號、包裝式樣（如桶、盤、箱、袋等）、件數、重量、規格；二包以上貨物合裝成一件且託運單亦有註明者，並應詳細註明該件內所裝包數。

三、裝運及到達地點。

四、發貨人名稱及地址。

一、姓名。

二、性別。

三、國籍。

四、出生日期。

五、出境證、身分證統一編號、外僑居留證統一證號或護照號碼。

一、姓名。

二、性別。

三、國籍。

四、出生日期。

五、身分證統一編號、外僑居留證統一證號或護照號碼。

六、職位。

出口、轉口貨物、誤裝、溢卸、轉運未稅之進口貨物或船用品，應憑海關蓋印放行之裝貨單或託運單或電腦放行通知或准單辦理裝運。但已報關放行之出口貨物，未於放行之翌日起三十日內裝船出口者，不得辦理裝運。

報關放行之出口貨物，已運離原申報存放地點，如須辦理退關手續者，應由船長或船舶所屬運輸業者填具出口貨物退關報告單，經現存地之貨棧或貨櫃集散站經營人查對簽證，交由值勤關員抽核後，憑以辦理後續退關手續。

出口之船舶於結關開航前，對於所裝載之出口貨物，應由船長或大副按裝貨單或訂艙資料與出口貨物艙單所載逐項核對無訛，並在出口貨物艙單上簽證。如有短裝或退關等情事，應依第四十七條之規定辦理。

船舶所裝載之貨物及包件，應由船長或大副簽收，不得委交其他船員。

船舶進港後不上下客貨（船用補給品除外），並在二十四小時內開航出口者，免辦進口及出口結關申報手續。

船舶在中華民國沿海二十四海里以內之水域時，海關得隨時派員登船檢查。

船舶在外港或海關辦公時間外上下旅客，應先向海關申請核准；船舶工作人員不得在外港上下船舶者，亦同。