依本辦法許可輸入或輸出之廢棄物，於事業或輸入、輸出者之貯存場所與港口、貨櫃場或航空站間之運送方式，由輸入者或輸出者依下列方式為之：

採前項第二款方式辦理者，除應於申請時檢附該合法運輸業者之相關證照影本及敘明可能使用之車輛牌照號碼外，並應於運送廢棄物時派員監控管理。

中央及地方主管機關進行本辦法廢棄物許可審查之期間各為二十個工作日。但必要時得延長十五個工作日。

中央及地方主管機關於審查時認有相關疑義或依本辦法有監督管理之需者，得以下列方式進行釐清：

第一項所定審查期間，不含下列期間：

依本辦法應檢具相關申請書件者，其內容資料缺漏或錯誤之書件達二分之一以上者，主管機關得逕予駁回。未達二分之一以上者，主管機關應通知限期補正。屆期未補正或同一補正項目經二次補正仍缺漏或錯誤者，主管機關得逕予駁回。

前項之補正期限不得逾三十日，情形特殊者，申請者得函請展延補正期限最多三十日。

本辦法所定應檢附文件如係在國外製作者，應經當地國公證人或公證機構公證，並經我國駐外館處或其他經外交部授權機構驗證；如係外文者，應檢附經我國駐外館處或其他經外交部授權機構驗證或國內公證人認證之中文譯本。

前項之國外文件公證內容，分以下兩種情形為之：

第一項國外文件於接受國或輸出國出具同意文件時已副知我國中央主管機關者，於該文件有效期限內可免經公（認）證。

依本辦法申請並經許可者，其進行廢棄物輸入輸出相關作業時，應依審查通過之申請書件及許可文件內容辦理，不得為未經許可之事項。

公民營廢棄物清除機構於取得輸出許可文件後，就該許可輸出之廢棄物種類有新增加之委託事業者，得於原許可輸出數量之百分之三十範圍內，檢附清除處理契約文件與事業出具之退運收回保證書，向直轄市、縣（市）主管機關申請納入原核發許可文件之輸出額度內辦理輸出，經許可後始得為之。

主管機關查獲已核發之輸入、輸出、復運進口或轉運許可文件係以虛偽文件申請取得者，應撤銷該許可文件。

前項之虛偽文件，係指申請前項許可文件時所需之各項書件、必要之公證或認證文件或章戳，及與國外文件原意背離之中文翻譯。

依本辦法規定申請輸出、輸入許可文件之廢棄物，於報關時若有疑義，由核發許可文件之直轄市、縣（市）主管機關認定之。

未依本辦法申請輸出、輸入許可文件，致有報關貨品是否屬廢棄物範疇疑義時，由中央主管機關認定之。

與我國依據巴塞爾公約簽有雙邊、多邊或區域協定之國家，雙方廢棄物之輸入輸出，應優先依雙邊、多邊或區域協定辦理，協定未規範者，依本辦法規定辦理。

前項簽有雙邊、多邊或區域協定國家及協定內容，由中央主管機關公告之。

從事學術或技術研究、研發而有輸入或輸出事業廢棄物樣品必要者，得由事業、廢棄物處理機構、設備商、學術單位或研究機構以專案方式向直轄市、縣（市）主管機關申請許可，其屬有害事業廢棄物者，應先經中央主管機關同意。

前項輸入申請，應檢具下列書件：

第一項之輸出申請，應檢具下列書件：