核發機關受理水措計畫或許可證（文件）申請、變更時，有下列情形之一者，其經環境工程技師查核之簽證事項，免再審查：

前項經環境工程技師查核之簽證事項，核發機關免再審查之規定，有下列情形之一，核發機關仍應審查：

環境工程技師執行依本法所定應經技師簽證文件之查核時，應查核廢（污）水或污泥處理設施是否具備足夠之功能及設備，並應共同參與功能測試。

核發機關受理水措計畫或許可證（文件）之申請、變更或展延，應依附表五規定邀請專家學者協助審查。

事業依本法第六十三條申請復工（業），應於提出水污染防治措施及污泥處理改善計畫送交直轄市、縣（市）主管機關時，一併將該計畫經隱匿個人資料後，公開於中央主管機關指定之網頁。未依規定公開者，直轄市、縣（市）主管機關應通知限期補正，屆期未補正，應駁回申請。

直轄市、縣（市）主管機關應於前項計畫公開後三日內，將計畫（含自動監測（視）及連線傳輸措施說明書）送專家學者進行書面審查，並明定應於七日內完成書面審查。

利害關係人或公益團體得於第一項計畫公開日起七日內以書面提出意見，作為直轄市、縣（市）主管機關審查時之參考。

直轄市、縣（市）主管機關應於收受專家學者審查意見後，將利害關係人或公益團體之書面意見、相關機關及專家學者書面審查意見，提供申請者，於七日內召開審查會議，並將會議之時間公開於資訊網路。申請者應於會議前或當日，就該相關意見詳實說明。

直轄市、縣（市）主管機關應審酌專家學者、相關機關及利害關係人或公益團體之意見及申請者說明之內容，作成試車之准駁。審查會議之紀錄及經核定之水污染防治措施及污泥處理改善計畫，應於完成審查之日起二十日內，於隱匿個人資料後公開登載於中央主管機關指定之網頁。

附表一所列特定對象之事業，排放廢（污）水之污染物項目，經直轄市、縣（市）主管機關認定有危害生態或人體健康之虞者，其水措計畫或排放許可證（文件）申請、變更，核發機關應先依本辦法相關規定予以准駁。直轄市、縣（市）主管機關並應通知事業於十八個月內提出風險評估與管理報告，屆期無法提出者，得於屆滿前三十日向直轄市、縣（市）主管機關提出展延申請，展延申請以一次為限，展延期限最長不得超過六個月。未依規定期間提出風險評估與管理報告者，涉及放流水標準管制以外之污染物項目部分，不得運作。

直轄市、縣（市）主管機關完成風險評估與管理報告之審查後，應通知事業限期換發水措計畫或排放許可證（文件），依審查結果於事業之水措計畫或排放許可證（文件）登記該放流水標準管制以外之污染物項目排放濃度或總量限值。未換發登記者，涉及放流水標準管制以外之污染物項目部分，不得運作。

水措計畫申請、變更由中央主管機關委託之機關受理者，直轄市、縣（市）主管機關應將風險評估與管理報告審查結果通知中央主管機關委託之機關納入水措計畫登記。

核發機關核准廢（污）水每日最大量及生產或服務規模，應依附表七之原則辦理，必要時得辦理現場勘察，並參考現勘結果核准。

應實施環境影響評估或應執行總量管制者，核發機關應依審查通過之環境影響評估書件（以下簡稱環評書件）及審查結論或總量管制方式及相關規定核准。但環評書件及審查結論載明之各項污染物排放限值較本法更嚴格者，核發機關核准各項污染物排放限值時，不得高於該限值。

附表一所列特定對象之事業，屬本法第十四條之一第二項規定應提出風險評估與管理報告者，主管機關應依審查結果核定。

廢（污）水水質項目核准登記原則及規定如下：

原廢（污）水或各處理單元進出水質限值核准登記原則及規定如下：

核發機關核准廢（污）水處理設施操作參數之原則，依功能測試結果認定。無須辦理功能測試者，依設計操作參數核定。

放流水符合本法所定標準，但前項操作參數數值未符合學理數值者，核發機關應請業者說明操作條件原因，並納入許可條件。

水措計畫核准文件或許可證（文件）登記之操作參數得有正負百分之十之容許差值。但氫離子濃度指數以登記數值上限加一、下限減一為容許範圍。

事業或污水下水道系統座落於直轄市、縣（市）主管機關公告應特予保護農地水體之排放總量管制區（以下簡稱總量管制區）者，直轄市、縣（市）主管機關應依下列規定辦理：

工業區專用污水下水道系統設有聯合污水處理廠，增加排放含銅、鋅、鎳、總鉻、六價鉻、鎘之重金屬廢水量，有下列情形之一者，不受前項第一款第二目不得同意變更排放許可證（文件）之限制：

第一項總量管制區內之事業或污水下水道系統沿灌排使用渠道或各級排水路以掛管方式排放廢（污）水，或以共同排放管線共同排放廢（污）水，將放流口設置於總量管制區外，未排放廢水於總量管制區內者，應依第一項各款規定辦理。

事業或污水下水道系統隱匿其有第一項之情形而取得水措計畫及許可證（文件）者，主管機關應撤銷其水措計畫及許可證（文件）。

核發機關受理第三十四條水污染防治措施及污泥處理改善計畫以外之各項水措計畫或許可證（文件）申請、變更或展延，應進行文件完整性之程序審查，及內容合理性之實體審查；其審查期間依附表八規定。

經審查認定應補正資料者，核發機關應通知限期補正；補正日數不算入審查期間，且總補正日數不得超過四十二日；有下列情形之一者，經核發機關同意得延長，並以三十日為限。但風險評估與管理報告之補正日數，依每次審查結論核定之。

未依前項期間補正者，核發機關應駁回其申請。

核發機關受理各項水措計畫或許可證（文件）申請、變更或展延案件，依第四十二條進行文件完整性之程序審查，及內容合理性之實體審查，其審查範圍不得及於申請、變更或展延內容以外之事項，並不得以任何形式之處分增加法規所未明定之義務。

核發機關發現核發之水措計畫或許可證（文件）有誤寫、誤算或其他類此未符合本法及相關規定之顯然錯誤者，得隨時更正之，並通知事業或污水下水道系統。

核發機關審查水措計畫或許可證（文件）展延案件，除符合下列情形之一外，不得逕行變更原核准登記事項：

第一項審查經認定應補正資料時，依下列規定辦理：

事業於最近三年內有下列情形之一者，經直轄市、縣（市）主管機關廢止其水措計畫或許可證（文件）後，自廢止之日起三年內不得再申請水措計畫或許可證（文件）：

事業或工業區專用污水下水道系統於水措計畫或許可證（文件）有效期間內，有下列情形之一者，自主管機關開立裁處書之日起三年內，不得變更增加廢（污）水每日最大產生量或與廢（污）水產生量有關之每日最大生產或服務規模：

第一項之廢止處分或前項裁處書經提起行政救濟者，以原處分未經撤銷或變更確定之日認定之。

事業或污水下水道系統有下列情形之一者，主管機關得廢止其排放許可證（文件）：

事業或污水下水道系統有前條第二款至第四款之情形，主管機關得廢止其貯留或稀釋許可文件。