國防部對本院之監督權限如下：
一、十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用及產製計畫之核定。
二、規章、年度營運（業務）計畫與預算、年度執行成果及決算報告書之核定或備查。
三、財產、財務及國家機密保護狀況之檢查。
四、營運績效之評鑑。
五、董事、監事之遴選及建議。
六、董事、監事於執行業務違反法令時，得為必要之處分。
七、本院違反憲法、法律、法規命令時，予以撤銷、變更、廢止、限期改善、停止執行或為其他處分。
八、自有不動產處分或設定負擔之核可。
九、其他依法律所為之監督。
國防部應要求本院參加與國防科技研究、應用與產製作業相關之重大建軍規劃會議，並得視建軍構想與兵力整建計畫之規劃情形，頒布國防科技發展之指導。
本院應依前項之指導，擬具十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用、產製計畫及年度營運計畫、預算。