用人單位應依業務需要，訂定研發替代役或產業訓儲替代役役男工作時間、請假、休假、出差、加班、激勵措施及考核等事項之服勤管理規定，送主管機關備查；其服勤管理規定違反依第五條之一第二項所定辦法者，主管機關應通知限期改正。
用人單位有下列情形之一者，主管機關得依申請或依職權轉調研發替代役或產業訓儲替代役役男至其他用人單位：
一、因計畫變更或裁撤，無法容納現有役男。
二、因歇業、轉讓或停工達一個月以上。
三、對役男有施暴、重大侮辱行為或危害健康之情形。
四、未依第六十條之一第一項規定繳納研究發展費或產業訓儲費。
五、經主管機關廢止其分配員額。
六、其他有害役男權益，經主管機關認定情節重大應予轉調。
前項申請經主管機關核定或主管機關依職權轉調者，用人單位與研發替代役或產業訓儲替代役役男原訂契約終止，由轉調後之用人單位與役男重新簽訂書面契約，送主管機關備查。
研發替代役或產業訓儲替代役役男因用人單位歇業、轉讓或停工等非可歸責於役男之事由，致不能繼續服役之期間，役期視為未中斷；其屬用人單位應支付之費用，於契約終止後仍由原用人單位負擔。用人單位因故不能支付之費用，由主管機關以依第六十條之一第二項設置之基金支付，並於支付後向用人單位求償。