違反第八條規定者，由航政機關處船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其立即離港。

違反第三十條之一第一項規定者，其船舶禁止航行。違規航行者，得由航政機關處承擔安全營運與防止污染管理責任之機構負責人或船舶所有人新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰。

船舶違反第二十八條之三第二項規定者，由航政機關處船舶所有人、船長或小船駕駛新臺幣一萬五千元以上十五萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。

違反第五十二條第三項或第七十四條第二項第二款規定者，由航政機關處客船所有人、載客小船所有人、船長或小船駕駛新臺幣一萬五千元以上十五萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。

違反第三十四條之一第一項規定，攜帶或託運危險品進入有載運乘客之客船者，處新臺幣二萬元以上十萬元以下罰鍰。

違反第五十九條第二項第二款、第七十條第一項或第二項規定者，由航政機關處遊艇所有人或遊艇駕駛新臺幣一萬五千元以上十五萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。

違反第六十六條第一項至第三項規定者，由航政機關處遊艇所有人新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。

違反第十五條第一項、第二十五條、第二十六條第一項、第二十七條第一項、第三十條、第三十九條、第四十二條前段、第五十三條第二項規定者，由航政機關處船舶所有人新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。

違反第二十三條第三項、第三十七條前段、第四十九條、第五十二條第一項、第五十三條第三項或第五十七條前段規定者，由航政機關處船舶所有人或船長新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。

船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛拒絕航政機關依第二十八條之三第一項規定對船舶施行抽查，處新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰；經航政機關抽查有適航性疑義時，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。

違反第九條規定者，由航政機關處船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並得命其限期改善。

違反第十一條第一項或第二項規定者，由航政機關處船舶所有人新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並得命其限期改善。

違反第六條、第七條或停止航行命令者，由航政機關處船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並命其限期改善。

未依第二十條第二項規定或違反第十一條第三項所定期限申請船舶變更登記或註冊，或換發船舶相關證書，由航政機關處船舶所有人新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰。

有下列情形之一者，由航政機關處船舶所有人新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰：

違反第十八條規定，未於領得臨時船舶國籍證書之日起三個月內申請換發或補發船舶國籍證書，由航政機關處船舶所有人或船長新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。

違反第五十九條第二項第一款或第三款規定由航政機關處遊艇所有人或遊艇駕駛新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。

有下列情形之一者，由航政機關處小船所有人或小船駕駛新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰：

違反第七十五條第一項、第七十六條、第七十七條第一項、第七十八條第一項或第八十一條規定由航政機關處小船所有人新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。

本法關於船長或駕駛之規定，於代理船長、駕駛或執行其職務者準用之。

代理船長、駕駛或執行其職務者，違反前項準用規定者，依第八十九條至第九十四條、第九十八條或第九十九條規定處罰。

本法關於船舶所有人於第八條、第二十八條之三、第三十條之一、第三十四條之一、第五十二條第三項、第五十九條第二項、第七十條、第七十四條第二項規定，於船舶租用人準用之。

船舶租用人違反前項準用規定者，依第八十九條、第九十條、第九十一條第一項、第九十七條、第九十八條或第九十九條規定處罰。