關員辦理進出口貨物查驗時，應會同報關人為之。但有下列情形之一者，不在此限：

前項以人工查驗之貨櫃（物），如發現貨物全部未到或未到齊或報關人故意拖延不會同查驗者，應在報單上註明後報請派驗報單主管人員處理。必要時海關得會同倉庫或貨櫃集散站業主逕行查驗。

驗貨關員查驗進出口貨物，得由貨主或報關人提供往返交通工具。

核定儀器查驗之報單，無論係應補或免補書面報單，均採驗放方式辦理。

前項報單申報二只貨櫃以上者，其中核定儀器查驗之貨櫃應檢附裝櫃明細，採逐櫃查驗無異狀逐櫃放行方式辦理；未核定儀器查驗之貨櫃，除報關人或貨主向海關申請儀器查驗者外，應俟核定儀器查驗之貨櫃全數完成查驗無異狀後，始得放行。

進出口貨物之查驗，因特殊情形經海關核准者，得於辦公時間外辦理。

進出口貨物於辦公時間未能驗畢者，得由海關按實際情形酌予延長查驗時間。

進出口貨物應在經海關核准登記之貨棧、貨櫃集散站或經海關核准或指定之地點查驗。

海關儀檢站代碼及所涉貨櫃集散站、貨棧、碼頭範圍資料，海關應先行公告之；其有異動者，亦同。

生產事業、與海關簽訂策略聯盟之廠商或優質企業進、出口業者符合下列條件，且以書面向海關申請經核准者，其所進口自用及出口自製之整裝貨櫃貨物，得申報船邊免驗提櫃、裝船：

安全認證優質企業進、出口業者申報船邊免驗提櫃、裝船者，不受前項各款條件之限制。

前二項廠商申請船邊免驗提櫃、裝船之進出口報單經核定為應審應驗者，依前條規定辦理。

抽中人工或儀器查驗之進出口貨物，必要時，得由海關驗貨、分類估價、儀檢單位主管或其指定人員變更查驗方式，或改為免驗。

抽中免驗或依規定免驗之進出口貨物，必要時，得由海關驗貨、分類估價、儀檢單位主管或其指定人員改為應驗。

海關對所報運進出口之貨物或報關人所提供之單證資料認為可疑，或報關人、進出口廠商、國外供應商或收貨人在海關有不良紀錄者，得不准有關貨物免驗。

進出口貨物在人工查驗過程中，經發現有虛報貨物之名稱、數量、品質、規格或其他違法情事時，以全部查驗為原則。但在繼續查驗中，已查驗部分足以推斷整批貨物之真實內容者，得免予繼續查驗。

前項人工查驗貨物得經派驗主管或其指定人員核定以儀器查驗輔助之。

進出口貨物在儀器查驗過程中，經判讀影像異常者，得由儀檢主管或其指定人員改為人工查驗。

海關查驗貨物，遇有密、通報案件、儀檢或緝毒犬嗅聞異常或依現況研析確屬可疑，且以實施破壞性查驗為必要手段時，經報請一級單位主管核可後，得實施破壞性查驗。

實施破壞性查驗後，應於報單或相關文件註明破壞貨物之事實。

經實施破壞性查驗，結果與進、出口人原申報內容相符者，納稅義務人或貨物輸出人得向海關請求補償。