依本條例第七條將貨品輸往課稅區者，應適用貨品輸入管理辦法。輸入限制輸入貨品表內之貨品，除其他法令另有規定外，區內事業應依該表所列規定向加工出口區管理處（以下簡稱管理處）或分處申請辦理簽證；免簽證輸入之貨品，如為海關協助查核輸入貨品表內之貨品，報關進口時，應依該表所列規定辦理。

前項貨品出售時，得免開統一發票。但應列入當年度營利事業所得稅結算申報。

管理處為辦理本條例第五條第一項第六款、第七款及第十八款所規定事項，得設置作業單位，並得在適當地點設置服務站所。

前項作業單位及服務站所採自給自足方式作業，其設置管理及薪給標準，應報請經濟部核定後實施。

依本條例第十條第一項規定，申請設立之區內事業，管理處應自申請之日起，一個月內核定之。

本條例第十條第一項所稱有關資料，指區內事業設立申請書所規定應檢附之資料。

區內事業之業務須經其他機關許可者，管理處應會同各該業務許可之目的事業主管機關審核之。

區內事業之設立，得以個人或事業籌備處名義申請之。

本條例第十六條第一項所稱公共設施建設費用，指管理處或分處所投入整地、道路與交通、地下管線、路燈照明、排水、水電供應、景觀及其他基礎設施之費用。

前項公共設施建設費用，在區內營業之事業按該公共設施建設已支付或已確定之金額，連同貸款本息折算年金，依租用土地面積比率分二十年平均負擔之。

本條例第二十一條第一項第一款及第二款規定免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之自用機器、設備、原料、物料、半製品及樣品，包括使用於產銷之設備及器具、用品、樣品、專供區內使用之運輸車輛設備與供包裝用之各種材料及器皿。第二款規定之燃料，以供區內生產或轉運者為限。

前項運輸車輛設備，應在車輛之前、後、左、右，各以適當之字體及不易洗擦之塗料書明「本車限於科技產業園區內行駛」字樣。

本條例第二十一條第一項第二款所稱自國外輸入供貿易、倉儲轉運用貨品，指自國外輸入後以原形態、經簡單加工或重整後轉售之貨品。

前項所稱簡單加工，指未使該貨品實質轉型之加工作業。

前項實質轉型，依進口貨品原產地認定標準認定之。

第一項貨品，應儲存於專用倉庫或專區，並設置帳冊及進出表報以供稽核；其帳冊及進出表報格式，由管理處會同海關定之。

本條例第二十二條第一項所稱從事轉運業務，指自國內外輸入貨品，在區內進行加工、組裝、倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配、檢驗、或測試後再銷售，且該貨品經前述處理後，仍未達核發產地證明標準者。但不包括僅出租倉庫或設備供他人使用者。

區內事業從事研究發展或提供諮詢、技術服務等業務，如係經營前項轉運業務所附帶發生者，亦屬轉運業務範圍。

區內事業如有轉運業務以外之收入，應依所得稅法規定辦理。

依本條例第二十五條規定，由課稅區輸往園區內供區內事業自用或供轉口外銷之貨品，視同外銷，得依規定申請減徵、免徵或退還進口稅捐、貨物稅及營業稅。

前項貨品，其入出區程序如下：

第一項貨品如需申請適用營業稅零稅率，應向海關辦理報關取得視同出口證明文件，或由區內事業在統一發票扣抵聯簽署證明由其購買。