智慧財產行政訴訟事件，依智慧財產法院組織法第三條第三款、第四款及本法第三十一條第一項之規定，其訴訟標的以專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法有關智慧財產權之規定為內容，其範圍為：

一行為違反智慧財產法律及其他行政法上義務規定而均應處罰鍰者，其智慧財產法律所定之罰鍰額度較高時，為智慧財產行政訴訟事件；其另有沒入或其他行政罰之處罰者，除其處罰之種類相同，經從一重之非智慧財產法律處罰者外，亦為智慧財產行政訴訟事件。

智慧財產法院辦理智慧財產案件認有必要時，得以裁定指定技術審查官，執行本法第四條所定之職務；合議案件應由合議庭裁定之。

經指定於期日執行職務之技術審查官，其姓名應與法官、書記官之姓名一併揭示於庭期表。

技術審查官於期日參與審理時，其姓名應載明於筆錄。

技術審查官於期日中，經法院之許可，對於當事人、證人或鑑定人為說明或直接發問時，其事由應記明於筆錄。

法院得命技術審查官就其執行職務之成果，製作報告書。如案件之性質複雜而有必要時，得命分別作成中間報告書及總結報告書。

技術審查官製作之報告書，不予公開。但法院因技術審查官提供而獲知之特殊專業知識，應予當事人辯論之機會，始得採為裁判之基礎。

法院對於證據提出命令之聲請，得命文書或勘驗物之持有人陳述意見，持有人如為營業秘密抗辯時，法院得命持有人釋明其秘密之種類、性質及範圍，以及因開示所生不利益之具體內容及程度，並經他造陳述意見後定之。

法院認為必要時，亦得命持有人以不公開方式提出證據，由法院審酌之。如法院認有聽取訴訟關係人意見之必要，除有不向本人開示即難達其目的之情形外，以向訴訟代理人開示為原則，並得曉諭持有人對受開示者聲請發秘密保持命令。

法院為判斷證據持有人有無拒絕提出之正當理由時，應斟酌營業秘密事項與待證事實之關聯性、有無代替證明之方法或事實推定之規定、聲請秘密保持命令之可能性等情況而為認定。

當事人依本法第十條之一第二項主張法院得審酌情形認其已釋明之事實為真實者，須釋明其營業秘密受侵害或有受侵害之虞的高度可能性。

前項已釋明之事實，他造否認其主張者，法院應定期命他造就其否認為具體之答辯。

他造無正當理由，屆期未答辯或答辯非具體者，法院就該事實真偽之爭執，應給予兩造有辯論之機會，始得審認當事人已釋明之事實為真實。

當事人或第三人依本法第十二條規定，提出聲請狀，聲請發秘密保持命令時，應注意下列事項：

前項聲請狀中應明確記載下列要件事實：

實行公訴之檢察官及參與訴訟之公務員，有公務上之保密義務，不為應受秘密保持命令之人。

關於應受秘密保持命令之人，以得因本案接觸該營業秘密之人為限。如他造已委任訴訟代理人，其代理人宜併為受秘密保持命令之人。

法院為前項裁定前，得通知兩造協商確定之。

法院認為秘密保持命令之聲請有理由者，應為准許之裁定；認為無理由者，應以裁定駁回。

前項裁定，就該營業秘密不得揭露。其裁定主文及理由中宜以間接引用方式，確定應受保護之營業秘密。

法院就秘密保持命令聲請之裁定原本，應與記載營業秘密之文書一併保存。

法院就秘密保持命令聲請之裁定正本，不得以記載營業秘密之文書為附件。

秘密保持命令經送達於相對人時對其發生效力，且法院對於秘密保持命令不得為公示送達。

法院依第二十一條第二項通知協商時，得曉諭兩造協議由應受命令之人到院領取秘密保持命令。

受秘密保持命令之人，其住所或居所有遷移時，應向法院陳明。

智慧財產民事及刑事訴訟中，當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷、廢止之原因，且影響民事及刑事裁判之結果者，法院應於判決理由中，就其主張或抗辯認定之，不得逕以智慧財產權尚未經撤銷或廢止，作為不採其主張或抗辯之理由；亦不得以關於該爭點，已提起行政爭訟程序，尚未終結為理由，裁定停止訴訟程序。

關於智慧財產權有無應撤銷、廢止原因之同一事實及證據，業經行政爭訟程序認定舉發或評定不成立確定，或已逾申請評定之法定期限，或其他依法已不得於行政爭訟程序中主張之事由，於智慧財產民事訴訟程序中，不得再行主張。

智慧財產民事訴訟繫屬中，當事人或第三人關於同一智慧財產權之撤銷、廢止，已提起行政爭訟程序時，法院為判斷該智慧財產權有無應予撤銷、廢止之原因，得斟酌行政爭訟之程度，及兩造之意見，為訴訟期日之指定。

前項民事訴訟業經依本法第十七條第一項規定命智慧財產專責機關參加訴訟者，其期日之指定，宜參酌該機關意見，必要時得協商兩造、參加人，訂定審理計畫。

第一項民事訴訟，法院不能依當事人提出之證據，判斷該智慧財產權有無應予撤銷或廢止之原因，於必要時，得依職權向智慧財產專責機關及其上級訴願機關調取證據資料。

智慧財產民事訴訟，當事人主張或抗辯智慧財產權應撤銷或廢止，而影響裁判之結果時，法院應依當事人舉證及職權調查所得資料判斷之。但該爭點所涉及之專業知識或法律原則，有使智慧財產專責機關表示意見之必要時，得依本法第十七條第一項規定，命智慧財產專責機關參加訴訟。

智慧財產專責機關依前項規定參加訴訟時，以關於智慧財產權有無應撤銷或廢止之原因為限，得獨立提出攻擊防禦方法。

智慧財產民事訴訟中，關於智慧財產權應予撤銷或廢止之原因，當事人意圖延滯訴訟，或因重大過失逾時始行提出攻擊或防禦方法，有礙訴訟之終結者，法院宜依民事訴訟法第一百九十六條第二項規定駁回之。

關於智慧財產權應予撤銷或廢止之攻擊或防禦方法，未於第一審主張或抗辯，或曾行準備程序之事件，未於準備程序中主張或抗辯者，除法律別有規定者外，於上訴審或準備程序後之言詞辯論，均不得再行主張或抗辯。

依本法第二十二條第一項之聲請，於起訴前，向應繫屬之法院為之；於起訴後，應向本案訴訟繫屬之法院為之。但本案訴訟繫屬於最高法院者，應向原繫屬之第一審法院為之。

前項聲請於刑事附帶民事訴訟事件，應向受理該刑事附帶民事訴訟事件之法院為之。

聲請人就有爭執之智慧財產法律關係聲請定其暫時狀態之處分者，須釋明該法律關係存在及有定暫時狀態之必要；其釋明不足者，應駁回聲請，不得准提供擔保代之或以擔保補釋明之不足。

聲請人雖已為前項釋明，法院為定暫時狀態處分之裁定時，仍得命聲請人提供相當之擔保。

法院審理定暫時狀態處分之聲請時，就保全之必要性，應審酌聲請人將來勝訴可能性、聲請之准駁對於聲請人或相對人是否將造成無法彌補之損害，並應權衡雙方損害之程度，及對公眾利益之影響。

前項所稱將來勝訴可能性，如當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷或廢止之原因，並為相當之舉證，法院認有撤銷或廢止之高度可能性時，應為不利於智慧財產權人之裁定。

法院為定暫時狀態之處分前，除聲請人主張有不能於處分前通知相對人陳述之特殊情事，並提出確實之證據，經法院認為適當者外，應令相對人有陳述意見之機會。

定暫時狀態處分之方法，由法院酌量情形定之，不受聲請人聲請之拘束。但其方法應以執行可能者為限，不得悖離處分之目的而逾越其必要之程度。

關於撤銷、廢止商標註冊或撤銷專利權之行政訴訟中，當事人於言詞辯論終結前，就同一撤銷或廢止理由之範圍內，所提出之新證據，法院仍應審酌。但當事人意圖延滯訴訟，或因重大過失，未依訴訟進行程度，於言詞辯論終結前之適當時期提出新證據，而有礙訴訟之終結者，法院得依行政訴訟法第一百三十二條準用民事訴訟法第一百九十六條第二項規定駁回之。

智慧財產專責機關就前項新證據依本法第三十三條第二項規定應提出答辯書狀時，得請求法院酌留相當之準備期間。