依本法核發之執照，每件收取證照費新臺幣三千元。

申請核子原料、核子燃料生產設施運轉人員證照，於申請時每人收取審查費新臺幣一千元；申請參加主管機關放射性廢棄物處理設施運轉人員測驗者，於申請時每人收取測驗費及審查費各新臺幣一千元；核發證照時每人收取證照費新臺幣一千元；申請換發時每人收取審查費及證照費各新臺幣一千元。

核子原料或核子燃料生產設施興建、運轉與除役審查費及檢查費，其收費基準如下：

前項設施換發運轉執照審查費，每一申請案收取新臺幣五百萬元。

核子原料或核子燃料貯存設施興建、運轉與除役審查費及檢查費，其收費基準如下：

前項核子原料或核子燃料貯存設施設於核子反應器設施、核子原料或核子燃料生產設施內，並已包含於原核發運轉執照之安全分析報告者，興建與運轉之審查費及檢查費免予收取。其與核子反應器設施、核子原料或核子燃料生產設施一併申請除役者，除役審查費及檢查費免予收取。

第一項設施換發運轉執照審查費，每一申請案收取新臺幣一百萬元。

用過核子燃料貯存設施興建、運轉與除役審查費及檢查費，其收費基準如下：

前條第二項規定，於前項情形準用之。

用過核子燃料貯存容器審查費，每一申請案收取新臺幣二百萬元；製造檢查費，每次新臺幣十萬元。

第一項設施換發運轉執照審查費，每一申請案收取新臺幣五百萬元。

核子原料之持有、使用、輸入、輸出、運送、貯存、廢棄、轉讓、租借或設定質權之申請許可審查費，每一申請案各收取新臺幣三千元。

核子原料之過境、轉口之申請許可審查費，按申請文件所載鈾、釷重量累計，其收費基準如下：

於核子原料或核子燃料生產設施內持有或使用核子原料者，第一項之審查費免予收取。

核子燃料之持有、使用、廢棄、轉讓、租借或設定質權之申請許可審查費，每一申請案各收取新臺幣六萬元。

於核子反應器設施、核子原料、核子燃料生產或貯存設施內持有或使用核子燃料者，前項之審查費免予收取。

用過核子燃料之輸入、輸出與運送審查費及檢查費，其收費標準如下：

前項第一款及第三款之用過核子燃料運送，每一運次低於五公斤者，其費用免予收取。

放射性廢棄物處理設施興建、運轉與除役審查費及檢查費，其收費基準如下：

第五條第二項規定，於前項情形準用之。

第一項設施換發運轉執照審查費，每一申請案收取新臺幣一百萬元。

低放射性廢棄物貯存設施興建、運轉與除役審查費及檢查費比照前條之規定。

核子反應器設施廠址外之低放射性廢棄物貯存設施之興建、運轉與除役審查費及檢查費，其收費基準如下：

低放射性廢棄物貯存或運送容器審查費，每一申請案收取新臺幣六十萬元；製造檢查費，每次新臺幣六萬元。

低放射性廢棄物貯存設施十年再評估報告、檢整計畫及外釋計畫審查費，每一申請案收取新臺幣六十萬元。

第五條第二項規定，於第一項情形準用之。

第二項設施換發運轉執照審查費，每一申請案收取新臺幣三百萬元。

高放射性廢棄物貯存設施之興建、運轉與除役審查費及檢查費，其收費標準如下：

第五條第二項規定，於第一項情形準用之。

放射性廢棄物之運送審查費及檢查費，其收費標準如下：

低放射性廢棄物之運送，每一運次低於一千公斤者，運送計畫審查費及運送檢查費免予收取。

核子原料、核子燃料生產或貯存設施或放射性廢棄物處理、貯存或最終處置設施於興建或運轉期間，涉及重要安全事項之設計修改或設備變更之申請案，每一案收取審查費新臺幣六十萬元。

前項各設施設於核子反應器設施內，並已包含於原核發運轉執照之安全分析報告者，免予收取審查費。

審查費應於申請時收取，檢查費於執行檢查後收取，證照費於核發時收取。

各項費用經收取後，除有誤繳、溢繳、法令變更或正當理由外，一律不得退費或保留。