依本條例第七條將貨品輸往課稅區者，應適用貨品輸入管理辦法。輸入限制輸入貨品表內之貨品，除其他法令另有規定外，區內事業應依該表所列規定向加工出口區管理處（以下簡稱管理處）或分處申請辦理簽證；免簽證輸入之貨品，如為海關協助查核輸入貨品表內之貨品，報關進口時，應依該表所列規定辦理。

前項貨品出售時，得免開統一發票。但應列入當年度營利事業所得稅結算申報。

本條例第五條第一項第十三款所稱工廠設置之檢查，指工廠、倉庫與其他有關設施之安全衛生及污染防治應具備條件之檢查與監督實施。

前項有關檢查之技術工作，管理處或分處得洽請其他主管機關或法人團體代為實施。

管理處為辦理本條例第五條第一項第七款、第八款及第十九款所規定事項，得設置作業單位，並得在適當地點設置服務站所。

前項作業單位及服務站所採自給自足方式作業，其設置管理及薪給標準，應報請經濟部核定後實施。

依本條例第十條規定，申請設立之區內事業，管理處應自申請之日起，一個月內核定之。

本條例第十條所稱有關資料，指區內事業設立申請書所規定應檢附之資料。

區內事業之業務須經其他機關許可者，管理處應會同各該業務許可之目的事業主管機關審核之。

區內事業之設立，得以個人或事業籌備處名義申請之。

本條例第十一條之二第一項所稱公共設施建設費用，指管理處或分處所投入整地、道路與交通、地下管線、路燈照明、排水、水電供應、景觀及其他基礎設施之費用。

前項公共設施建設費用，在區內營業之事業按該公共設施建設已支付或已確定之金額，連同貸款本息折算年金，依租用土地面積比率分二十年平均負擔之。

本條例第十三條第一項第一款及第二款規定免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之自用機器、設備、原料、物料、半製品及樣品，包括使用於產銷之設備及器具、用品、樣品、專供區內使用之運輸車輛設備與供包裝用之各種材料及器皿。第二款規定之燃料，以供區內生產或轉運者為限。

前項運輸車輛設備，應在車輛之前、後、左、右，各以適當之字體及不易洗擦之塗料書明「本車限於加工出口區內行駛」字樣。

本條例第十三條第一項第二款所稱自國外輸入供貿易、倉儲轉運用貨品，指自國外輸入後以原形態、經簡單加工或重整後轉售之貨品。

前項所稱簡單加工，指未使該貨品實質轉型之加工作業。

前項實質轉型，依進口貨品原產地認定標準認定之。

第一項貨品，應儲存於專用倉庫或專區，並設置帳冊及進出表報以供稽核；其帳冊及進出表報格式，由管理處會同海關定之。

本條例第十四條第一項所稱從事轉運業務，指自國內外輸入貨品，在區內進行加工、組裝、倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配、檢驗、或測試後再銷售，且該貨品經前述處理後，仍未達核發產地證明標準者。但不包括僅出租倉庫或設備供他人使用者。

區內事業從事研究發展或提供諮詢、技術服務等業務，如係經營前項轉運業務所附帶發生者，亦屬轉運業務範圍。

區內事業如有轉運業務以外之收入，應依所得稅法規定辦理。

依本條例第十七條規定，由課稅區輸往加工出口區內供區內事業自用或供轉口外銷之貨品，視同外銷，得依規定申請減徵、免徵或退還進口稅捐、貨物稅及營業稅。

前項貨品，其入出區程序如下：

第一項貨品如需申請適用營業稅零稅率，應向海關辦理報關取得視同出口證明文件，或由區內事業在統一發票扣抵聯簽署證明由其購買。