交通部及所屬機關（構）依法規須委託海巡署及所屬機關執行之事項，應依行政程序法第十五條規定，將委託事項及法規依據公告之。

海巡署及所屬機關與交通部及所屬機關（構）間，於相互請求協助時，應依行政程序法第十九條規定，除緊急情形外，應以書面為之。如係以其他方式請求協助，應補送書面資料。

海巡署及所屬機關與交通部及所屬機關（構）間，得依任務需要建立協商機制，並依相關法規，請求提供氣象、水文、車籍、船籍及其他資料與通信資源，俾利任務遂行。

海巡署及所屬機關與交通部及所屬機關（構），應設置相對通報窗口，並密切保持聯繫，遇有緊急或重大狀況時，應即時相互通報。

海巡署及所屬機關得委託交通部所屬機關（構）及其委託之機關（構），代為辦理海岸巡防人員航行、輪機、電信及小艇等相關專長教育訓練，所需經費由海巡署及所屬機關編列預算支應。

海巡署具備自訓能力時，經交通部授權或認證，得自行辦理前項相關之專長教育訓練。