各分署掌理下列事項：
一、國有林事業區經營、陸域野生動植物保育、自然地景、自然紀念物、森林遊樂區經營及集水區治理等相關計畫之擬訂。
二、生物多樣性維護、友善棲地營造、社區林業政策及計畫之執行。
三、陸域自然保留區、自然保護區、野生動物保護區與野生動物重要棲息環境、地質公園、野生動植物及自然紀念物經營管理之執行。
四、樹木保護、陸域野生物研究、森林生物及陸域特定野生動物危害防治、特定外來入侵種防除之執行。
五、森林資源建造維護、永續利用與生產管理政策及計畫之執行。
六、森林遊樂區、林業文化園區、林業鐵路與軌道設施、步道系統、自然教育中心及生態旅遊、環境教育之推動。
七、森林保護、林地管理及保安林經營之執行。
八、國有林集水區保育、生態環境復育、治山防災、林道維護、森林育樂工程計畫之執行。
九、森林與自然資源之調查、監測及資訊之建置、管理。
十、其他有關林業及自然保育事項。