本署置主任秘書一人，組長四人，職務均列簡任第十一職等；副組長四人，職務列簡任第十職等；主任一人，專門委員一人，研究員四人，職務均列薦任第九職等至簡任第十職等；科長二十三人，職務列薦任第九職等；秘書三人，技正三十九人至四十五人，視察六人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中技正九人職務得列簡任第十職等；副研究員八人，職務均列薦任第七職等至第九職等；專員八人，訓練師三人，職務均列薦任第七職等至第八職等；助理訓練師四人，輔導員二人，職務均列委任第五職等至薦任第七職等；技士三十九人至四十一人，科員十五人至十七人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐十人至十四人，護士一人，職務均列委任第四職等至第五職等，其中技佐七人職務得列薦任第六職等；辦事員七人，職務列委任第三職等至第五職等；書記六人，職務列委任第一職等至第三職等。

本條例施行前，原漁業幹部船員訓練中心僱用之現職雇員二人，其未具公務人員任用資格者，得占用前項書記職缺繼續其僱用至離職時為止。

本條例施行前，原漁業幹部船員訓練中心依派用人員派用條例審定准予登記有案之現職人員，未具法定任用資格者，得繼續留任原職稱原官等至離職時為止。

本署因業務需要，設置遠洋漁業開發中心，執行漁業資源之研究開發、調查評估、漁業訓練及推廣工作。

遠洋漁業開發中心置主任一人，職務列簡任第十一職等，綜理中心業務；副主任一人，職務列簡任第十職等，襄理中心業務；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。

為執行第一項業務，該中心得設漁業訓練、漁業探勘等之船舶，其工作人員之進用及管理規定，由本署報請行政院農業委員會核轉行政院核定之。