連線申報有關事項依關稅法第十條規定，需經海關電腦記錄者，海關得委託經營通關網路之事業或由單一窗口以其電腦檔案代為記錄。

海關實施通關自動化有關事項，除前項規定者外，得視需要委託經營通關網路之事業或由單一窗口辦理之。

下列連線通關文件之傳輸，應依電子資料標準格式為之：

前項標準格式由財政部關務署公告之。

連線業者之連線申報，依第七條第一款辦理者，於輸入單一窗口之電腦記錄有案時，視為已到達海關；連線核定依通關資料庫記錄核定時點，推定已到達應受通知之人；依第七條第二款辦理者，在輸入通關網路，經電腦之檔案予以記錄時，視為已到達海關；連線核定於輸入單一窗口之電腦記錄有案時，推定已到達應受通知之人，並適用關稅法規有關規定辦理。

前項連線申報，其適用關稅法規基準日之認定，與未連線業者發生差異時，得適用最有利於連線業者之基準日。

第一項依第七條第二款辦理者，其傳輸時間及內容，當事人得向經營通關網路之事業申請證明，經營通關網路之事業不得拒絕。

連線申報及未連線申報之收單時間，得由海關另行分別訂定公告之。

依前條規定核列為免審免驗通關方式處理之貨物，於完成繳納稅費手續後，海關應以連線核定方式將放行通知傳送報關人及貨棧或貨櫃集散站業者，報關人憑電腦放行通知及有關單證前往貨棧或貨櫃集散站提領。其報關有關文件，應由報關人依關務法規規定之期限妥為保管；經海關通知補送資料者，報關人應於接到通知後三日內補送之。

經核列按文件審核通關方式處理之貨物，報關人應於接獲海關連線核定通知之翌日辦公時間終了前，補送書面報單及其他有關文件以供查核。但經海關公告得傳送文件電子檔之文件，得以連線申報方式取代書面補件。

經核列按貨物查驗通關方式處理之貨物，報關人應於接獲海關連線核定通知之翌日辦公時間終了前，補送書面報單及其他有關文件以供查驗貨物，海關並得通知貨棧或貨櫃集散站業者配合查驗。但經海關公告得傳送文件電子檔之文件，得以連線申報方式取代書面補件。

前二項貨物之繳納稅費、放行及提領之作業方式與第一項貨物同。其備供查核之文件如採連線申報方式辦理，並經海關電腦核銷、比對相符者，得准免予補送書面文件。

連線通關之納稅義務人得選擇下列各款規定方式之一繳納稅費、保證金或其他款項：

前項第一款及第二款規定之繳納方式，海關對於適用對象，啟用日期等事項，得視事實需要予以限制或變更。

第一項納稅義務人選擇同項第二款至第四款規定方式繳納者，應依連線核定所傳輸之稅費、保證金或其他款項應行繳納訊息，列印海關進出口貨物稅費繳納證或國庫專戶存款收款書，持憑繳納。

海關得憑連線金融機構傳輸之稅費、保證金或其他款項收訖訊息，由電腦自動核對紀錄相符後辦理放行等後續作業，免再以人工核對稅費繳納證或國庫專戶存款收款書存查聯及人工配單工作。

未連線業者所遞送書面報單、艙單或其他報關文件，由海關代為輸入者，依海關徵收規費規則有關規定徵收費用。

報關業者尚未完成連線作業之期間，得暫准以提供媒體方式代替輸入，不適用前項之規定。至其提供之期間以六個月為限，必要時得申請延長之。

連線業者除具有正當理由經海關核准者外，其所遞送書面報單、艙單或其他報關文件，由海關代為輸入者，依海關徵收規費規則有關規定徵收費用。

通關網路或單一窗口記錄於電腦之報單及其相關檔案應自進出口貨物放行之翌日起保存五年，期滿予以銷毀。

通關網路記錄於電腦之艙單、出口裝船清表檔案，應自進出口貨物放行之翌日起保存五年，期滿除另有約定外予以銷毀。

連線業者因違反契約條款或滯欠使用費致終止或解除契約者，經營通關網路之事業應於三十日前通知海關配合註銷其連線登記。

前項情形情節輕微，僅暫時停止使用而不終止或解除契約者，經營通關網路之事業應於三日前通知海關。