辦理劃設作業之程序如下：
一、劃設小組應將劃設之成果提請部落會議以公共事項方式討論並視需要通知毗鄰部落代表與會，經部落會議議決通過後，交由執行機關報請直轄市、縣（市）主管機關辦理書面審查。
二、直轄市、縣（市）主管機關應於受理提報後三十日內依第七條規定辦理書面審查，如有缺漏或不盡詳實者，應請執行機關轉交劃設小組補正，未補正者得予退件；審查完竣之案件，直轄市、縣（市）主管機關應研提審查意見後提報中央主管機關辦理。
三、中央主管機關於受理提報並經會商公有土地管理機關討論後，應將劃設成果公告之，並刊登政府公報或新聞紙。
為辦理前項第三款之會商作業及處理劃設作業產生之爭議，應由中央主管機關組成劃設商議小組會商協調，必要時得由中央主管機關報請行政院協調之。
前項劃設商議小組之組成人員，應包含當地部落或民族代表、專家學者、原住民族行政機關及土地管理機關代表。