製造、輸入、輸出、販賣或使用毒性及關注化學物質之運作人，應先取得貯存登記文件或核可文件，始得申請許可證、登記文件或核可文件。但依第二項規定合併申請時，不在此限。

前項運作符合下列情形之一者，得合併申請許可證、登記文件或核可文件：

申請許可證者，應檢具申請書及附件一文件。

申請登記文件者，應檢具申請書及附件二文件。

申請毒性及經中央主管機關依本法指定公告具有危害性之關注化學物質（以下簡稱具危害性關注化學物質）核可文件者，應檢具申請書及附件三文件。

申請前項以外關注化學物質核可文件者，應檢具申請書及附件四文件。

申請貯存毒性及關注化學物質，除中央主管機關依本法第十一條及第二十四條公告另有規定者外，應符合下列規定：

前項第二款及第三款之倉儲業與受委託貯存管理者，應依中央主管機關所定網路傳輸方式，登載受託管理之毒性及關注化學物質來源資料。直轄市、縣（市）主管機關應於受理翌日起五個工作日內完成確認。

第一項第四款毒性及關注化學物質，屬未完成海關通關手續，其已依關稅法規定經海關核准暫時儲存於貨棧或貨櫃集散站者，免申請貯存登記或核可文件。

許可證、登記文件或核可文件於有效期間內因毀損或滅失時，運作人應於事實發生後三十日內，檢具申請書及附件五文件向直轄市、縣（市）主管機關申請換發或補發。

逾前項期間，經直轄市、縣（市）主管機關通知，運作人應於通知翌日起十日內，檢具相關證明文件影本，申請換發或補發。

申請許可證、登記文件或核可文件之變更者，應檢具申請書及附件六文件向直轄市、縣（市）主管機關為之。

前項申請變更運作人、運作場所基本資料、運作場所全廠（場）配置圖與內部配置圖者，應自目的事業主管機關核發工廠登記證明文件、公司登記證明文件、商業登記文件或其他證明文件，或事實發生之日起二十日內為之；負責人變更應於六十日內為之。

前項運作人或運作場所基本資料與配置圖逾期未變更者，經直轄市、縣（市）主管機關通知，運作人應於通知翌日起十日內，檢具相關證明文件影本，申請變更。

第二項以外之許可證、登記文件、核可文件及其檢附文件或資料變更者，運作人應依第一項規定向直轄市、縣（市）主管機關提出申請，經核准後始得變更。

申請許可證、登記文件或核可文件展延者，應於期滿前三個月至六個月之期間內，檢具申請書及附件七文件向直轄市、縣（市）主管機關為之。

運作人依前項規定申請展延之文件，不合規定或未能補正者，直轄市、縣（市）主管機關應於許可證、登記文件或核可文件期限屆滿前，駁回其申請。

運作人於規定期限提出展延申請，因直轄市、縣（市）主管機關之審查致許可證、登記文件或核可文件期限屆滿前無法完成展延准駁者，運作人或運作場所於期限屆滿至完成審查期間內，得依原核准事項運作。

未於第一項規定期間提出展延申請，致直轄市、縣（市）主管機關於許可證、登記文件或核可文件期限屆滿前無法作成准駁決定者，運作人及運作場所自有效期屆滿翌日起停止運作；未於期限屆滿前申請展延者，於期限屆滿日起，其許可證、登記文件或核可文件失其效力，如需繼續運作，應重新申請。

製造或使用毒性及關注化學物質之運作人申請許可證、登記文件或核可文件或其變更、展延前，須先繪製運作場所全廠（場）空氣、水、廢棄物、毒性及關注化學物質污染流向示意圖，檢視污染在不同介質間之流向及在各類環保許可證（文件）間之關連。但製造或使用毒性及關注化學物質僅供試驗、研究或教育用途，且運作總量低於分級運作量者，不在此限。

前項申請、變更或展延，有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，須同時依各該環保法規規定提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。但可提出未實質涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，不在此限。

經直轄市、縣（市）主管機關確認有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延而未同時提出者，直轄市、縣（市）主管機關得續依本辦法規定審查，並通知製造或使用毒性及關注化學物質之運作人應提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。

直轄市、縣（市）主管機關受理許可證、登記文件或核可文件申請、變更或展延審查，應依下列規定辦理：

直轄市、縣（市）主管機關辦理前項審查，得邀集有關機關、學者及專家進行現場勘察。

直轄市、縣（市）主管機關受理許可證、登記文件及核可文件之申請、換（補）發、變更、展延之審查期間，除許可證之申請為三十個工作天外，其他為二十個工作天。

前項審查期間必要時，直轄市、縣（市）主管機關得通知申請人延長一倍。

直轄市、縣（市）主管機關受理申請文件、現場勘察結果不合規定或內容有欠缺者，應即通知運作人限期補正。

已於期限內補正而仍不合規定或內容有欠缺者，直轄市、縣（市）主管機關得再通知限期補正。各次補正日數不算入審查期限內，且補正總日數不得超過三十日。

直轄市、縣（市）主管機關受理許可證、登記文件或核可文件審查，有下列情事之一者，應予駁回：

經審查核准之許可證、登記文件或核可文件內容，運作人應依規定公開於中央主管機關指定網站；直轄市、縣（市）主管機關應於運作人公開後十四日內發給許可證、登記文件或核可文件。

毒性及關注化學物質之許可證、登記文件及核可文件應記載下列事項：

前項第四款應登載下列事項：

直轄市、縣（市）主管機關發現許可證、登記文件或核可文件有誤寫、誤算或其他類此未符合本法及相關規定之顯然錯誤者，得隨時更正之，並通知運作人。

運作人廢棄毒性及具危害性關注化學物質者，應於廢棄前，逐批檢具廢棄聲明書，向所在地直轄市、縣（市）主管機關提出申請，經核准後始得廢棄。

運作人及運作場所分屬不同直轄市、縣（市）主管機關時，所在地直轄市、縣（市）主管機關，應副知相關直轄市、縣（市）主管機關。

廢棄毒性及關注化學物質，應依廢棄物清理相關法令規定辦理。

輸出第一類至第三類毒性化學物質，應向直轄市、縣（市）主管機關逐批填具輸出登記，並檢附國外買方訂單、信用狀影本或其他輸出事由證明文件，始得輸出。

輸出第四類毒性化學物質及關注化學物質，應依核可文件內容為之。

依本辦法取得許可證、登記文件或核可文件之運作人，有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關得撤銷或廢止其許可證、登記文件或核可文件：

領有貯存登記文件之第一類至第三類毒性化學物質貯存場所，或領有貯存核可文件之第四類毒性化學物質與具危害性關注化學物質之運作人，其貯存場所經變更為都市計畫住宅區或商業區者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止相關核准，並註銷其登記文件或核可文件。

運作人依本辦法規定辦理許可證、登記文件及核可文件之申請、換（補）發、變更、展延，其經核准之許可證、登記文件與核可文件，應依中央主管機關規定公開之內容，隱匿個人資料後，公開於中央主管機關指定之網站。但依新化學物質及既有化學物質資料登錄辦法向中央主管機關申請保密且經核准者，不在此限。

運作人提出下列要件證明文件，向直轄市、縣（市）主管機關申請保密並經核准後，得隱匿不公開：

第一項所稱個人資料，包括姓名、身分證或護照字號、個人照片、出生日期、聯絡電話、行動電話、傳真電話、電子郵件、戶籍所在地址或其他得以直接或間接方式識別該個人之資料。

運作人於本辦法中華民國一百零九年一月十五日修正施行前，已取得許可證、登記文件或核可文件者，應於一百十年一月十七日前，於中央主管機關指定網站公開最近一次經核准之文件。