離島免稅購物商店有下列情事之一者，海關得依離島建設條例第十條之一第八項規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止三個月以上，一年以下離島免稅購物商店業務之經營：
一、未依第六條第一項規定於提貨處辦理提貨。
二、未依第八條第一項第九款規定檢具之文件辦理旅客動線配置，或未依同條第二項規定向海關申請設置臨時提貨處。
三、未依第九條第二項前段、第三項規定辦理換照，或未依同條第二項後段規定辦理校正。
四、未依第十一條規定期限向海關申請停業或廢止登記。
五、未依第十三條第一項規定，由專責人員代表處理保稅自主管理事項，或未依同條第三項規定，於專責人員變更時通知海關備查。
六、未依第十四條第二項、第十五條規定辦理保稅貨物進儲自用保稅倉庫。
七、未依第十六條規定辦理傳輸或移運。
八、未依第十七條第五項規定辦理退運出口或退回原國內產製廠商或補稅銷帳。
九、未依第十八條規定錄影、存檔或提供海關調閱錄影影像存檔資料。
十、未依第十九條規定辦理銷貨。
十一、未依第二十條規定開立售貨單或於期限內填具報單向海關繳納稅額。
十二、未依第二十一條第一項規定確認旅客身分，或未依同條第二項規定標示銷售價格，或未依同條第三項規定開立售貨單。
十三、未依第二十二條規定辦理傳輸、除帳或退貨作業。
十四、未依第二十三條第二項規定辦理退貨。
十五、未依第二十四條規定辦理非銷售貨物之通關、進儲、領用、贈送、傳輸及除帳作業。
十六、未依第二十六條規定配合海關查核。
十七、未依第二十七條第一項、第二項規定辦理盤存，或未依同條第三項、第五項規定將相關資料送交監管海關審核或傳輸作業。
十八、未依第二十八條規定辦理盤存不符時之補繳進口稅費或報經監管海關核准核實更正等事宜。
十九、未依第二十九條規定保存帳冊、報表及相關憑證或提供海關依法查案時所需單證及有關文件。