臺灣地區人民得持憑有效護照，經內政部移民署（以下簡稱移民署）查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。

金門、馬祖或澎湖設有戶籍六個月以上之臺灣地區人民，得向移民署申請許可核發三年效期多次入出境許可證，經查驗後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。

外國人得持憑有效簽證及有效護照或旅行證件，或適用以免簽證方式入國之有效護照，經移民署查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區；香港或澳門居民，持憑有效入出境許可證者，亦同。

香港或澳門居民適用臨時入境停留方式入境者，於入境金門、馬祖或澎湖時，得向港口之移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境。

本條例第九條第三項及第四項人員，申請由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區者，除第二項所定人員依該項規定辦理外，應先依臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法及簡任第十職等及警監四階以下未涉及國家安全機密之公務員及警察人員赴大陸地區作業要點，申請許可或同意。

下列人員申請赴大陸地區從事交流活動，得向移民署申請許可，持憑有效護照經查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區：

移民署為前項許可前，必要時，得會商相關機關。

大陸地區人民有下列情形之一者，得向移民署申請許可入出金門、馬祖或澎湖：

移民署為前項許可前，必要時，得會商相關機關。

第一項第四款情形，以組團方式辦理者，每團人數限三人以上四十人以下，整團同時入出，不足三人之團體不予許可，並禁止入境。

大陸地區人民於金門、馬祖或澎湖海域，因突發之緊急事故，得申請救助進入金門、馬祖或澎湖避難。

大陸地區人民進入臺灣地區患重病、受重傷、發生天災或其他特殊事故，其必要協處人員，得向移民署申請專案許可，往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區；該大陸地區人民經許可之停留期間屆滿者，亦同。

大陸地區人民依本辦法許可入境者，其停留地點以金門、馬祖或澎湖為限。

依前條第一項第一款至第三款規定申請者，應由金門、馬祖或澎湖親屬、同性質廠商、學校或相關之團體備具申請書及相關證明文件，向移民署在金門、馬祖或澎湖所設服務站（以下簡稱服務站）代申請進入金門、馬祖或澎湖，並由其親屬或負責人擔任保證人。

依前條第一項第四款規定申請者，應由交通部觀光局許可在金門、馬祖或澎湖營業之綜合或甲種旅行社向服務站代申請進入金門、馬祖或澎湖，並由其負責人擔任保證人；個人旅遊者，應另備最低投保金額新臺幣二百萬元之旅遊平安保險或其他傷害保險證明文件及註明大陸地區緊急聯絡人之行程表。

前條第四項情形，由救助人代申請之。

大陸地區人民依第十二條規定申請經許可者，得核發六個月效期之往來金門、馬祖或澎湖單次入出境許可證或一年至三年效期之多次入出境許可證，由當事人持憑連同有效之大陸居民往來臺灣通行證或大陸地區旅行證件（不包含港澳通行證），經移民署查驗後入出金門、馬祖或澎湖。

前項入出境許可證效期，必要時，得予縮短；應備查驗文件，必要時，得予增加。

以旅行事由申請者，得於入境金門、馬祖、澎湖時向移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境。其適用對象、限制方式、人數及應備文件，由移民署公告，並刊登政府公報。

大陸地區人民依第十二條規定申請許可者，其停留期間如下，並不得辦理一般延期：

依本辦法許可入境之大陸地區人民，因疾病住院、災變或其他特殊事故，未能依限出境者，得向服務站申請延期停留，每次不得逾十五日。但經移民署會同相關機關認有必要者，得酌予延長期間及次數；其停留期間之相關費用，由代申請人代墊付。

大陸地區人民依本辦法以外之其他法令經許可進入臺灣地區者，得持憑有效入出境許可證，經移民署查驗，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。但臺灣地區人民之配偶依法須經機場、港口接受面談者，應符合下列情形之一，始得由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區：

大陸地區人民申請進入金門、馬祖或澎湖，內政部得限制人數。