本法第二十八條第二項所定涉及國家安全或國家機密之機關及職務如下：
一、下列機關各職務：
（一）總統府。
（二）行政院。
（三）立法院。
（四）國家安全會議及所屬機關。
（五）外交部及所屬機關。
（六）國防部及所屬機關。
（七）經濟部及所屬國際貿易局、投資審議委員會。
（八）數位發展部及所屬資通安全署。
（九）國家科學及技術委員會。
（十）大陸委員會及所屬機關。
（十一）行政院原子能委員會及所屬機關。
（十二）海洋委員會海巡署及所屬機關。
（十三）內政部警政署及所屬機關。
（十四）內政部移民署。
（十五）法務部調查局及所屬機關。
二、依涉及國家安全或重大利益公務人員特殊查核辦法第二條所定須辦理特殊查核之職務。
三、依國家機密保護法第七條第一項所定有國家機密核定權責人員之職務。
四、報經行政院核定，設置駐（境）外機構辦事之職務。