如果確實因檢舉查獲違反食品安全衛生管理法規定的事項，參照食品安全衛生檢舉案件處理及獎勵辦法第4條第1項規定，直轄市、縣（市）衛生主管機關可發給檢舉人至少罰鍰實收金額百分之二十的獎金；查獲攙偽或假冒、超過有效日期、添加未經中央衛生主管機關許可的添加物等情形時，可發給檢舉人至少罰鍰實收金額百分之五十的獎金。

當查獲觸犯食品安全衛生管理法第49條第1、2、3項規定的罪，或是查獲其他重大違規情事時，除了前述的獎金外，主管機關還可依據食品安全衛生檢舉案件處理及獎勵辦法第5條第1項規定，視檢舉內容及對案件查獲的貢獻程度，另外發給檢舉人新臺幣十萬元以上二百萬元以下的獎金。假如檢舉人現在是或曾經是被檢舉人的受僱人時，另外發給的獎金上限得提高至新臺幣四百萬元。