水庫一直是熱門的放生場所，不但嚴重破壞生態，而且汙染水源，以台北翡翠水庫為例，近年來曲腰魚等肉食性的大型魚因放生而在水庫大量繁殖，威脅其他魚種的生存空間。

於蓄水範圍內為放生行為，依據水庫蓄水範圍使用管理辦法第5條第1項第3款規定，應向其管理機關（構）申請許可；申請放生，依水庫蓄水範圍使用管理辦法第11條規定，應提送申請書及其他相關證明文件，其申請書應載明放生種類、大小及數量。違反者依水利法第93條之3 規定，處新臺幣二千五百元以上五萬元以下之罰鍰。

放生活動如果涉及保育類野生動物的買賣行為，依據野生動物保育法第35條規定，保育類野生動物及其產製品，非經主管機關同意，不得買賣，違反者得依照野生動物保育法第40條規定，處六月以上五年以下有期徒刑，得併科新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰金。

此外，依據野生動物保育法第32條規定，野生動物經飼養者，非經主管機關之同意，不得釋放，違反者，依據野生動物保育法第46條規定，得處新臺幣五萬元以上二十五萬元以下罰鍰；若因而有破壞生態之虞時，處新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰。