病患按照指示方式服用醫療機構開立的藥物，如果造成嚴重副作用或影響身體機能時，除了依照一般醫療糾紛的程序處理外，還可以參照藥害救濟法第4條、同法第14條等規定，自病患本人或代理人知道病患因藥物不良反應致死亡、障礙或嚴重疾病時起三年內，向藥害救濟審議委員會申請藥害救濟。如果案件不屬於該法第13條各款規定的不得申請藥害救濟情形之一，依據同法第16條本文規定，應於收受案件之日起三個月內作成審定。由於藥害救濟屬於能讓病患方能快速獲得補償的救濟方式，依據該法第17條也規定，已領取藥害救濟給付，如果事後基於同一原因事實取得其他賠償或補償者，於取得賠償或補償的範圍內，應返還先前領取的藥害救濟給付。