如果經過了和解、調解、仲裁等程序後，當事人雙方仍然無法形成共識，此時便會進入民事或刑事訴訟。在民事訴訟部分，病患方主要是主張醫療機構的醫療疏失已構成民法第184條規定的侵權行為，或是民法第226條規定的債務不履行行為。參照民法第197條第1項規定，因侵權行為所生之損害賠償請求權，自病患知悉損害及賠償義務人起二年，或自醫療行為造成損害起十年間不行使而消滅；參照民法第125條規定，債務不履行的請求權因十五年間不行使而消滅。病患需要在請求權時效消滅前提起訴訟，才不會放棄自身權益。

在刑事訴訟部分，如果病患方要主張醫療方構成刑法第284條規定的過失傷害罪或過失致重傷罪，參照刑法第287條本文、刑事訴訟法第237條第1項等規定，因為過失傷害罪及過失致重傷罪屬於告訴乃論之罪，需要在知道犯人時起算，在六個月內提起告訴，檢察機關受理並認為有理由後才會起訴。另外須注意的是，如果病患方想要按照刑事訴訟中所認定的事實請求民事賠償，可以依據刑事訴訟法第488條本文規定，在刑事訴訟起訴後第二審辯論終結前提起附帶民事訴訟。依據同法第499條第1項規定，就刑事訴訟所調查的證據，視為就附帶民事訴訟也經過調查。