除了當事人雙方和解以外，也可以透過第三方機構進行調解，尋求可行的解決糾紛方案。

參照醫療法第99條第1項第3款規定，病患可以向直轄市或縣（市）政府設置的醫事審議委員會提出調解申請；此外，參照鄉鎮市調解條例第1條規定，醫療糾紛中民事損害賠償事件，以及刑事業務過失傷害或過失致重傷害案件符合鄉鎮市調解委員會得辦理調解的案件類型，因此也可以向鄉鎮市調解委員會申請調解，調解委員會接受申請後，則依據該條例第15條第1項規定，決定調解期日並通知當事人或代理人到場，當事人可以依據同條例第17條規定，推舉一人至三人列席協同調解。依據該條例第27條規定，調解成立並經法院核定後，與民事確定判決有同一效力，當事人就該醫療糾紛事件不得再行起訴、告訴或自訴。

另一種進行調解的途徑是透過法院，參照民事訴訟法第403條第1項第7款規定，因醫療糾紛發生爭執者，於起訴前應經法院調解，如果透過法院調解，法院可以依據該法第408條規定，命當事人或法定代理人本人於調解期日到場，如果當事人一方無正當理由不到場，法院可依據同法第409條第1項規定，處新台幣三千元以下罰鍰。法院調解成立或不成立所產生的效果與其他調解方式相同。

調解不成立時，當事人雙方可採取和解或是進行訴訟來解決紛爭。