依第六十三條之三第二項、第六十三條之五第二項、第五十四條之一第二項、第七十八條之一或第七十八條之三第二項規定申請使用人，有下列情形之一者，廢止其核准或許可：
一、違反第六十三條之三第二項、第六十三條之五第一項、第六章有關禁止或應行辦理事項、第七十八條、第七十八條之三第一項、第八十條或第八十一條之規定者。
二、興辦灌溉事業違反第六十三條之二或第六十三條之三之規定，或有關灌溉事業之興辦、設施之變更、廢止、管理及其他應遵行事項，違反依第六十三條之四所定之管理辦法者。
三、海堤區域內，有關使用管理、防洪搶險、海堤安全之檢查與養護或其他應遵行事項，有違反依第六十三條之六所定之管理辦法者。
四、堰壩及水庫蓄水範圍內，有關使用管理或其他應遵行事項，違反依第五十四條之二所定之辦法者。
五、河川整治之規劃與施設、河防安全檢查與養護、河川防洪與搶險、河川區域之使用管理或其他應遵行事項，違反依第七十八條之二第一項所定之河川管理辦法者。
六、排水設施管理之維護管理、防洪搶險、安全檢查、設施範圍之使用管理或其他應遵行事項，違反依第七十八條之四所定之管理辦法者。
七、自取得許可之日起，未經主管機關許可，逾六個月未使用。
八、經催繳未在通知期限內繳清使用費者。
九、轉讓他人使用或未依許可使用內容或其範圍使用者。
十、因故意或重大過失管理不當，致他人於其使用範圍，有違反許可使用內容或其範圍使用者。
十一、許可使用後，喪失申請資格者。
十二、為水利設施整治、管理、公共使用或其他防救緊急危險之必要者。
依法撤銷許可者或依前項第一款至第十一款規定廢止許可者，使用人於一年內不得再申請使用。