行政院海岸巡防署海岸巡防總局（以下簡稱本總局），掌理下列事項：
一、關於入出海岸管制區之檢查、管制事項。
二、關於海岸、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國事項。
三、關於協助通商口岸之查緝走私、防止非法入出國事項。
四、關於船舶及其他水上運輸工具非法進入海岸地區之管制及處理事項。
五、關於海岸地區犯罪之偵防及警衛、警戒等事項。
六、關於海岸及漁、商港之安全檢查事項。
七、關於海岸涉外事務之協調、調查及處理事項。
八、關於通信、電子（含雷達）、光電、資訊等計畫之擬定、督導、執行及裝備系統籌建建議等事項。
九、關於海岸地區走私、非法入出國與反滲透情蒐之計畫執行、管制及督導事項。
十、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。
十一、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。
十二、其他依法應執行或協助之事項。