於本條例施行前，業經財團法人二二八事件紀念基金會（以下簡稱二二八基金會）或財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會（以下簡稱補償基金會）依法調查事實並認定賠償基數予以賠（補）償者，或經法院依戒嚴時期人民受損權利回復條例第六條第一項準用冤獄賠償法准予賠償者，得依第四條及第十條規定向權利回復基金會提出權利回復之申請。
經二二八基金會或補償基金會以受難者或受裁判者死亡或失蹤認定賠（補）償基數者，應經權利回復基金會職權調查，如其死亡原因符合第五條第一項第一款規定者，依第六條第一項規定計算賠償金；如受有賠（補）償原因符合第五條第一項第三款規定者，逕依已認定之拘束人身自由期間，對照附表一定其賠償之基數，依第六條第二項及第三項規定計算賠償金。
經二二八基金會或補償基金會依二二八事件處理及賠償條例第八條第一項第三款、戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例第六條第二款及第三款規定認定賠（補）償基數者，或經法院依戒嚴時期人民受損權利回復條例第六條第一項準用冤獄賠償法准予賠償者，如受有賠（補）償原因符合第五條第一項第二款規定，逕依已認定之拘束人身自由期間或法院認定賠償之天數，對照附表一定其賠償之基數，並依第六條第二項計算賠償金。
經二二八基金會依二二八事件處理及賠償條例第八條第一項第二款或第五款認定賠（補）償基數者，逕依已認定之基數，乘以每基數賠償金額新臺幣十二萬元計算賠償金。