產銷履歷農產品驗證機構應檢視驗證申請書之內容及所附文件完備，始受理申請，並依下列程序辦理驗證作業：
一、稽核小組組成：依申請案內容指派稽核小組成員，其中至少應包含一名符合認證規範所定資格之稽核員。
二、文件稽核：由稽核小組審查所附文件是否符合產銷作業基準及相關法規要求，並進入中央主管機關產銷履歷管理資訊系統審查申請者上傳之資料。
三、稽核計畫訂定：由稽核小組依申請案內容及相關規定訂定稽核計畫，內容至少包含各項作業辦理時程、實施方法及步驟、稽核小組成員資料、稽核人天數及藥物殘留檢測頻度與項目之決定原則、收費概算及收費方式。
四、現場稽核：文件審查通過後，由稽核小組安排現場稽核，確認各項作業是否符合產銷作業基準。
五、產品抽樣及送檢：於驗證決定前，應至少進行一次產品藥物殘留之檢測；其樣品數及檢驗項目，應達中央主管機關所定基本規範，並由驗證機構依第三款稽核計畫所載原則決定之。
六、稽核報告提送：由稽核小組就各項稽核、審查及檢驗結果做成結論及建議，提送報告予驗證機構。
七、驗證決定：由驗證機構組成審議小組，依稽核報告內容判斷申請者符合下列驗證基準者，通過驗證，並核發產銷履歷農產品驗證證書：
（一）各項作業符合產銷作業基準要求，並確實進行相關紀錄及查核作業。
（二）批次、編碼、追溯作業符合本辦法相關規定。
（三）正確且完整之履歷資料。
（四）產品藥物殘留檢測結果符合我國相關規定。
前項稽核未通過，其情形可補正或改善者，驗證機構應通知申請人限期補正或改善，並以一次為限；屆期未補正或改善者，駁回其申請案。
申請集團驗證者，驗證機構應於現場稽核前先就總部運作是否符合自訂之總部作業規範及相關作業程序書，辦理稽核；經稽核結果判斷可採抽樣方式辦理各成員現場稽核者，其抽樣成員數不得低於總成員數之平方根。
產銷作業取得第四條第二款各目驗證之一，且驗證機構以文件稽核即足以判斷符合驗證基準者，得免依第一項第四款規定辦理現場稽核。