申請登記為保稅工廠者，應檢具下列文件，向工廠所在地海關辦理：
一、申請書：應載明公司名稱、統一編號、工廠登記編號、公司地址、資本額、負責人姓名、身分證統一編號、電話號碼及工廠地址。尚未完成工廠登記者，得先檢具工廠登記申請證明文件代替工廠登記編號，並於主管機關核准工廠登記後，海關依第七條第一項規定辦理勘查前予以補正。
二、特許營業證及其影本各一份；非特許事業者，免送特許營業證。
三、公司章程及董監事名冊一份。
四、產品清表一份。
五、工廠、倉庫、笨重原料等儲存處所及生產機器配置平面圖各一份。
六、保稅工廠印鑑登記卡。
七、產品生產程序說明書及其各步驟使用原料名稱、數量暨工廠原物料管理制度有關資料各一份。
八、最近三年（成立未滿三年者，以其存續期為準）經會計師簽證之財務報表一份。
九、保稅工廠之廠房使用執照、建物所有權狀與土地所有權狀及其影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約與其影本各一份及廠房所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠房倉庫至少六個月，以供監管海關處理保稅物品。
申請登記為保稅工廠者，於海關核准登記前，如有先行進口自用機器、設備之需要，得向海關申請臨時監管編號，並繳納進口稅款保證金，辦理通關手續。
前項保證金，於核准登記為保稅工廠後，得向海關申請退還；經否准登記為保稅工廠者，海關得逕以前項保證金抵繳進口相關稅費。
申請廠商設有二個以上之工廠者，得分別就其中一個或二個以上之工廠申請設立保稅工廠。但各工廠間有相互提撥原料、半成品、成品之關係或產製外銷成品具有連貫性之製造程序者，不得僅就其中部分程序工廠申請登記為保稅工廠。