民間機構有本法第五十二條或第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，其營利事業股東適用之投資抵減，應依下列規定辦理：
一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構者，自投資契約終止年度起，其營利事業股東尚未適用之投資抵減，不得繼續適用。
二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構者，其營利事業股東不得適用投資抵減。
民間機構於完成參與重大公共建設總投資後，經主辦機關認定不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍者，其營利事業股東不得適用投資抵減。
民間機構有前二項情事者，應向所在地稅捐稽徵機關申請更正或註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。
民間機構有第一項第二款或第二項情事者，其營利事業股東已申報抵減營利事業所得稅額者，應補繳已抵減稅額，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。民間機構有第一項第一款情事，其營利事業股東於投資契約終止年度起仍申報投資抵減者，亦同。
主辦機關依本法第五十二條或第五十三條規定終止投資契約，或依第二項規定認定民間機構參與之重大公共建設不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，通知該民間機構所在地稅捐稽徵機關。