總機構在中華民國境外之營利事業，在中華民國境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難者，不論其在中華民國境內是否設有分支機構或代理人，得向財政部申請核准，或由財政部核定，國際運輸業務按其在中華民國境內之營業收入之百分之十，其餘業務按其在中華民國境內之營業收入之百分之十五為中華民國境內之營利事業所得額。但不適用第三十九條關於虧損扣除之規定。

前項所稱在中華民國境內之營業收入，其屬於經營國際運輸業務者，依左列之規定：

前項第二款第一目所稱中華民國境外之第一站，由財政部以命令定之。

納稅義務人應於每年五月一日起至五月三十一日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及依第十五條第四項規定計算之可抵減稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，不得減除。

獨資、合夥組織之營利事業應依前項規定辦理結算申報，無須計算及繳納其應納之結算稅額；其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。但其為小規模營利事業者，無須辦理結算申報，由稽徵機關核定其營利事業所得額，直接歸併獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。

中華民國境內居住之個人全年綜合所得總額不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數者，得免辦理結算申報。但申請退還扣繳稅款及第十五條第四項規定之可抵減稅額，或依第十五條第五項規定課稅者，仍應辦理結算申報。

營利事業遇有解散、廢止、合併或轉讓情事時，應於截至解散、廢止、合併或轉讓之日止，辦理當期決算，於四十五日內，依規定格式，向該管稽徵機關申報其營利事業所得額及應納稅額，並於提出申報前自行繳納之。

營利事業在清算期間之清算所得，應於清算結束之日起三十日內，依規定格式書表向該管稽徵機關申報，並於申報前依照當年度所適用之營利事業所得稅稅率自行計算繳納。但依其他法律得免除清算程序者，不適用之。

前項所稱清算期間，其屬公司組織者，依公司法規定之期限；屬有限合夥組織者，依有限合夥法規定之期限；非屬公司或有限合夥組織者，為自解散、廢止、合併或轉讓之日起三個月。

獨資、合夥組織之營利事業應依第一項及第二項規定辦理當期決算或清算申報，無須計算及繳納其應納稅額；其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。但其為小規模營利事業者，無須辦理當期決算或清算申報，由稽徵機關核定其營利事業所得額，直接歸併獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。

營利事業未依第一項及第二項規定期限申報其當期決算所得額或清算所得者，稽徵機關應即依查得資料核定其所得額及應納稅額；其屬獨資、合夥組織之營利事業者，稽徵機關應核定其所得額後，將其營利事業所得額直接歸併獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。

營利事業宣告破產者，應於法院公告債權申報期間截止十日前，向該管稽徵機關提出當期營利事業所得稅決算申報；其未依限申報者，稽徵機關應即依查得之資料，核定其所得額及應納稅額。

法院應將前項宣告破產之營利事業，於公告債權申報之同時通知當地稽徵機關。

第八十八條各類所得稅款之扣繳義務人，應於每月十日前將上一月內所扣稅款向國庫繳清，並於每年一月底前將上一年內扣繳各納稅義務人之稅款數額，開具扣繳憑單，彙報該管稽徵機關查核，並應於二月十日前將扣繳憑單填發納稅義務人；每年一月遇連續三日以上國定假日者，扣繳憑單彙報期間延長至二月五日止，扣繳憑單填發期間延長至二月十五日止。但機關、行政法人、團體、學校、事業有解散、廢止、合併、轉讓、裁撤、變更，或破產管理人處理之破產事務經法院裁定終結或終止時，扣繳義務人應隨時就已扣繳稅款數額，填發扣繳憑單，並於十日內向該管稽徵機關辦理申報。

非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，有第八十八條規定各類所得時，扣繳義務人應於代扣稅款之日起算十日內，將所扣稅款向國庫繳清，並開具扣繳憑單，向該管稽徵機關申報核驗後，發給納稅義務人。代扣稅款之日起算十日內遇連續三日以上國定假日者，所扣稅款繳納、扣繳憑單申報核驗及發給期間延長五日。

總機構在中華民國境外而在中華民國境內有固定營業場所之營利事業，其獲配之股利或盈餘，準用前項規定。