活魚運搬船之國內裝卸港口，以臺南市安平漁港、臺南市將軍漁港、高雄市旗津漁港、高雄市興達漁港、屏東縣東港鹽埔漁港、屏東縣枋寮漁港、屏東縣小琉球漁港、澎湖縣馬公漁港、澎湖縣七美漁港及澎湖縣竹灣漁港為限。但中央流行疫情指揮中心宣布大陸或香港地區為旅遊疫情建議等級第三級警告地區時，依下列規定辦理：
一、運搬養殖活魚至大陸或香港地區者，以高雄市興達漁港及屏東縣東港鹽埔漁港限定碼頭區域為限。
二、運搬養殖活魚至大陸或香港以外之地區者，以前款所定漁港限定碼頭區域以外之港口為限。
活魚運搬船運搬養殖活魚至臺灣本島及澎湖以外地區者，以大陸或香港地區為限。
活魚運搬船運搬養殖活魚至大陸地區者，應依臺灣地區漁船航行至大陸地區許可及管理辦法規定，申請航行至大陸地區之許可。
活魚運搬船自大陸或香港地區回航時，不得裝載任何物品，並應直接航行至原出港之漁港進港及接受海巡機關檢查，航行中不得靠岸或停靠海上箱網養殖地點。
有第一項但書規定情形時，活魚運搬船漁業人及漁業從業人應遵守中央主管機關依中央流行疫情指揮中心指揮官指示，實施應變處置或措施。
前項應變處置或措施，由中央主管機關公告之。