本條例所需經費上限為新臺幣八千四百億元，得視疫情狀況，分期編列特別預算，送請立法院審議；其預算編製及執行不受預算法第二十三條、第六十二條及第六十三條之限制。但經立法院審議刪除或刪減之預算項目不得流用。
前項所需經費來源，得以移用以前年度歲計賸餘或舉借債務支應；其每年度舉借債務之額度，不受公共債務法第五條第七項規定之限制；中央政府總預算及特別預算於本條例施行期間之舉債額度合計數，占該期間總預算及特別預算歲出總額合計數之比率，不受財政紀律法第十四條第二項規定之限制。
本條例施行期間，中央政府所舉借之一年以上公共債務未償餘額預算數，應依公共債務法第五條第一項規定辦理。
為因應各項防治及紓困振興措施之緊急需要，各相關機關得報經行政院同意後，於第一項特別預算案未完成法定程序前，先行支付其一部分。