營利事業申請適用第三條規定免徵營利事業所得稅者，應於所得年度之次一會計年度第三個月終了日前，依規定格式填報並檢附下列文件，向自由港區管理機關申請核發符合營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動於自由港區從事貨物採購、輸入、儲存或運送證明函，核准免徵期間最長為五年：
一、營利事業登記證明文件。
二、依中華民國境外法律設立或登記之營利事業，實際管理處所在中華民國境外之聲明書。
三、依中華民國法律設立或登記之營利事業，實際管理處所在中華民國境外之證明文件。
四、營利事業自行或委託自由港區事業從事貨物採購、輸入、儲存或運送之計畫書，內容包含：
（一）營利事業基本資料，包含設立日期、資本額、董事長、總經理、員工人數、年營業額、營業項目、公司地址及聯絡人等。
（二）主要營業活動（包括在中華民國境內、外執行之功能、承擔之風險及使用之資產）之說明。
（三）在中華民國境內從事之營業活動，就其境內、外整體營業活動而言非屬核心、必要及重要活動之說明。
（四）於自由港區進儲及銷售貨物符合免稅活動範圍之說明。
（五）其他足資證明符合第四條及第五條規定之文件。
五、營利事業委託自由港區事業從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，檢附與自由港區事業簽訂之生效委託合約及中文簡譯本。
自由港區管理機關及稅捐稽徵機關審查前項第四款規定之文件時，對營利事業在中華民國境內從事之營業活動是否屬準備或輔助性質之活動存有疑義時，得請營利事業提示價值鏈貢獻分析及相關證明文件。
第一項第四款規定之計畫書及前項價值鏈貢獻分析，如提示會計師簽證報告，得予書面審核。
營利事業委託代理人申請者，應檢附授權書正本。
營利事業得就其銷售之個別貨物依第一項規定申請證明函，其經自由港區管理機關審查符合第四條規定在中華民國境內僅從事準備或輔助性質活動，且其就該貨物在境內從事之活動符合前條規定範圍並能明確計算銷售該貨物之所得者，得就個別貨物核發證明函。
自由港區管理機關核發第一項及前項規定證明函時，應註明免徵期間及副知主管機關、財政部賦稅署及所在地稅捐稽徵機關。