民間機構參與重大公共建設，實際投資達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得者，應自所得稅結算申報日之次日起六個月內；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起六個月內，檢具下列文件，向財政部申請核准免納營利事業所得稅：
一、公司登記證明文件影本。
二、主辦機關核准參與重大公共建設之文件。
三、重大公共建設主辦機關核發之營運證明文件影本。
四、主辦機關審核重大公共建設符合第三條第一項所定免稅獎勵範圍之證明書；證明書上應載明民間機構名稱、統一編號、地址、申請日期、重大公共建設類別、參與重大公共建設之方式、主辦機關核定參與重大公共建設之日期、開始營運之日期、符合本法重大公共建設範圍規定要件及其日期、免稅所得項目、實際投資金額（不含土地）。
五、重大公共建設申報有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅核定稅額通知書影本。以上情形，並均應檢附該重大公共建設之課稅所得計算表。
六、主辦機關查核證明之機器、設備及新建主體建物清單；清單上應載明截至有課稅所得之年度末日止，重大公共建設所購置或興建機器、設備之名稱、性能、用途、廠別、出廠、購入或進口日期、數量、金額及新建主體建物之工程成本明細表。
前項重大公共建設申報有課稅所得者，民間機構應於辦理有課稅所得之年度所得稅結算申報期間屆滿前；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起三個月內，向主辦機關申請核發前項第四款所定證明書及第六款所定機器、設備及新建主體建物清單。主辦機關應自民間機構申請之次日起三個月內核發，並副知財政部賦稅署及民間機構所在地之稅捐稽徵機關。