貸款案件依下列程序辦理：
一、本基金會應先就申請文件、申請程序、借款人資格、申貸目的、案件之可行性以及其他相關事項及文件加以初審。貸款案件尚未進行可行性研究者，本基金會得視需要，委託國內外專業機構協助借款人進行可行性研究。可行性研究費用超過三十萬美元者，超過部分應於擬定貸款案件時計入貸款金額；三十萬美元以下者，由本基金會負擔。
二、本基金會辦理貸款案件之計畫界定、計畫準備、計畫評估及計畫核定等作業，得視案件需要，派員或延聘相關專業人員進行計畫界定、事實調查、評估及合約協商任務。
三、由本基金會秘書長或其授權之人員邀集相關業務主管審核書面報告及擬議之貸款案件；並得於必要時邀請外部專業人員列席提供意見。貸款案件通過審核者，提報本基金會董事會討論核定。
四、簽訂貸款合約；其合約內容除金額、利率、期限等基本貸款條件及各項法律相關條款外，並應訂定撥款與採購方式、定期進度報告及監督方式等事項。
五、本基金會得視案件需要，採行書面監督、派員或延聘相關專業人員進行監督任務；如須進行重大變更事項，應提請本基金會董事會討論核定。前述重大變更事項包括貸款案件內容、貸款用途、貸款金額、利率及還本付息方式。
六、計畫執行機構應於計畫執行完畢後六個月內提出計畫結案報告。本基金會亦得視案件需要，派員或延聘相關專業人員進行計畫結案任務。
七、本基金會辦理貸款案件得視案件需要將各項作業合併辦理，並得先行提報本基金會董事會討論承作原則。
以合作融資方式提供之貸款案件，經合作融資機構協助完成計畫評估者，免辦理前項第一款可行性研究及第二款程序，得直接依前項第三款至第七款規定辦理。
本基金會得編列預算辦理與貸款案件相關之調查研究、可行性研究、工程設計、機構能力建構等技術協助。
本基金會得委託合作融資機構管理合作融資案件，並於必要時，支付合作融資機構管理費用。