前條第一款資本投資支出成本之計算，得以設備（施）總成本按財政部依所得稅法所定之固定資產耐用年數折舊或設備（施）設計使用年限攤提。
前條第二款一次性支出成本之計算，以相關支出總成本計算。
違反本法義務行為人已改善、補正其應支出者，前二項消極利益之計算，僅計算其因遲延支出所獲利息之所得利益。
前條第三款經常性支出成本，與排洩或處理數量有關者，得以違法排洩或處理數量計算，其計算公式如下：
經常性支出成本（元）＝違法排洩或處理數量ｘ單位排洩或處理數量處理成本＋其他年支出費用
前項單位排洩或處理數量處理成本，指處理每單位排洩或處理數量所應支出之電力、用水量、燃料、藥品及材料使用或廢棄物處理等之費用成本；其他年支出費用，指每年應支出之設備更新或改善、人事、檢測申報、連續自動監測設施操作維護等之費用成本。
前條第三款經常性支出成本，與排洩或處理數量無關者，依其違反本法義務行為相關事證，推估人事費、電費、水費、差旅費、監（檢）測、記錄、申報、藥品及材料使用費等符合本法義務所應支出之費用。