申請人就重要濕地認有下列情形之一者，得檢具變更或廢止重要濕地分析報告書，送直轄市、縣（市）主管機關轉送中央主管機關建議變更或廢止重要濕地：
一、具有本法第九條所定情事。
二、應配合本法第二十七條第二項辦理異地補償。
三、為避免重大災害之發生。
四、因天然或人為因素增加面積或提升生物多樣性，依據調查監測與科學研究證據，有變更或廢止範圍或等級之必要。
五、其他經中央主管機關認有變更或廢止重要濕地情形。
直轄市、縣（市）主管機關就轄區內符合前項規定之濕地，得建議中央主管機關變更或廢止重要濕地。
中央主管機關就符合第一項規定之濕地，得依職權逕為辦理。
第一項變更或廢止重要濕地分析報告書內容如下：
一、變更或廢止重要濕地之等級、行政轄區、位置、建議範圍、面積及申請案由等。
二、重要濕地變更或廢止檢核表（如附表二）。
三、重要濕地內土地所有權人意願調查書或其他證明文件。
四、現況環境說明，並以照片、圖示及地圖配合說明：
（一）重要濕地與周邊地區之關聯性。
（二）變更或廢止對本法第八條各款所列事項之一與重要物種、重要科學研究、文化資產或生態及環境價值及其應優先保護區域之影響。
（三）變更或廢止之必要性及替代方案。
（四）變更或廢止後之配套措施。
五、重要濕地變更或廢止範圍圖說，應附具濕地之區位、周邊重要地標、道路、橋梁之名稱及建議範圍等，其比例尺不得小於五千分之一。
六、其他相關文件。
中央主管機關受理第一項及第二項之建議申請案，應依第五條規定程序辦理。