本法第四十條、第四十三條、第四十六條、第四十六條之一、第四十九條、第五十二條、第五十三條及第五十四條所稱之情節重大，係指下列情形之一者：
一、未經合法登記或許可之污染源，違反本法之規定。
二、經處分後，自報停工改善，經查證非屬實。
三、一年內經二次限期改善，仍繼續違反本法規定。
四、工業區內事業單位，將廢（污）水納入工業區污水下水道系統處理，而違反下水道相關法令規定，經下水道機構依下水道法規定以情節重大通知停止使用，仍繼續排放廢（污）水。
五、大量排放污染物，經主管機關認定嚴重影響附近水體品質。
六、排放之廢（污）水中含有有害健康物質，經主管機關認定有危害公眾健康之虞。
七、其他經主管機關認定嚴重影響附近地區水體品質之行為。
主管機關應公開依前項規定認定情節重大之事業，由提供優惠待遇之目的事業主管機關或各該法律之主管機關停止並追回其違規行為所屬年度之優惠待遇，並於其後三年內不得享受政府之優惠待遇。
前項所稱優惠待遇，包含中央或地方政府依法律或行政行為所給予該事業獎勵、補助、捐助或減免之租稅、租金、費用或其他一切優惠措施。