該管主管機關依本條例第八條第一項或第三項規定受理再生水開發案之興建許可及廢（污）水或放流水使用許可申請，依下列程序辦理：
一、第一階段：該管主管機關於受理再生水經營業提出之再生水興建及營運規劃書，經評估可行後，應就申請標的下水道系統可申請取用之廢（污）水或放流水量，公告一個月至三個月徵求其他民間申請人提出再生水興建及營運規劃書，期滿各申請案併同審查。
二、第二階段：第一階段審查通過之申請人，應於審查通過日起六個月內提出再生水興建及營運計畫書。
該管主管機關依政府採購法、促進民間參與公共建設法或其他法律規劃及興辦之再生水開發案，免依第一項規定辦理，其依法規或契約所提之興建、營運計畫書、投資執行計畫書或其他相關書件，如包含第五條第二項內容，視為本條例第九條第三項之再生水興建及營運計畫書。