民間機構依本法第三十六條第二項規定選定延遲開始免稅之期間，應自有課稅所得之年度起四年內，依下列規定向財政部申請核准延遲開始免稅；逾期申請者，除符合第三項規定外，不予核准：
一、與申請適用免納營利事業所得稅同時申請者，於同一申請書內敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。
二、於核准免納營利事業所得稅後始行申請者，應另備申請書，敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。
民間機構依前項規定申請延遲開始免稅者，應於有課稅所得之年度次年起三個年度中，擇一年度開始適用免稅；擇定後，除符合第四項規定外，不得變更。
民間機構所得稅結算申報自行申報該重大公共建設無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，如其核定稅額通知書送達之次日已逾第一項規定得申請延遲免稅之期限，或未逾該期限而賸餘期間不足三個月，得自核定稅額通知書送達之次日起三個月內，敘明自行選定延遲開始免稅之期間及其會計年度起訖日期，向財政部申請核准延遲開始免稅。逾期申請者，不予核准；其經核准者，除符合第四項規定外，不得變更。
民間機構已依前條或第一項規定開始適用免稅，如其以前年度所得稅結算申報自行申報該重大公共建設無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得，得以核定有課稅所得之年度為準，依本法第三十六條第二項規定向財政部申請選定或重新選定延遲開始免稅之期間；其選定開始免稅之年度不得遲於原選定開始適用免稅之年度。
前項申請應於核定稅額通知書送達之次日起三個月內為之；逾期申請者，應自核定有課稅所得之年度起開始免稅。